应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件
91/1返回列表
查看: 2834  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sjnyongle

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件

各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢
在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生ligand的文件,但是CGenFF貌似很难用，我想做的ligand是：

非常感谢帮助

[ Last edited by sjnyongle on 2010-12-14 at 15:59 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-12-14 15:51:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
sjnyongle(金币+8):非常感谢！ 2010-12-17 10:08:51
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-17 12:34:02
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-14 15:51:12:
各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢
在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生lig ...

paratool ,VMD里的插件，官网有教程
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-12-16 19:55:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
sjnyongle(金币+1):感激！ 2010-12-17 10:09:19
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-14 15:51:12:
各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢
在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生lig ...

帮你顶一下。
回复此楼
4楼2010-12-16 20:09:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

素君~~~

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。
SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules
http://www.swissparam.ch/
对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦
赞一下 回复此楼
5楼2015-06-16 20:20:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yylcx

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 素君~~~ at 2015-06-16 20:20:23
有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。
SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules
http://www.swissparam.ch/
对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦

你好，请问这个网址用的啥力场来生成的呀
赞一下 回复此楼
6楼2015-09-16 21:07:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

素君~~~

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by yylcx at 2015-09-16 21:07:58
你好，请问这个网址用的啥力场来生成的呀...

This service provides topology and parameters for small organic molecules compatible with the CHARMM all atoms force field, for use with CHARMM and GROMACS
赞一下 回复此楼
7楼2015-09-17 16:55:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 素君~~~ at 2015-06-16 20:20:23
有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。
SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules
http://www.swissparam.ch/
对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦

你好，我用cgenff生成了str文件，里面包含了原子类型和电荷以及键连信息，str里面有说这个就是top文件，然后cgenff也可以下载得到，可是，下一步我要想在NAMD里做计算的话，还需要生成psf文件，要给各个原子分配力场参数，请问psf如何生成呢？貌似cgenff这个力场VMD不认。 请指教

SwissParam用的是Merck Molecular ForceField (MMFF)力场，只有范得华力用的charmm22，应该在NAMD里算不了。
赞一下 回复此楼
8楼2015-12-22 09:57:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-12-22 09:57:04
你好，我用cgenff生成了str文件，里面包含了原子类型和电荷以及键连信息，str里面有说这个就是top文件，然后cgenff也可以下载得到，可是，下一步我要想在NAMD里做计算的话，还需要生成psf文件，要给各个原子分 ...

你好，我目前也是遇到这个问题，请问解决了嘛？如何解决的？
赞一下 回复此楼
9楼2017-03-07 21:29:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
zyj81192楼
2010-12-16 19:23   回复  
sjnyongle(金币+1):感激！ 2010-12-17 10:09:04
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-14 15:51:12: 各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢 在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生lig ...

帮顶一下。
相关版块跳转 我要订阅楼主 sjnyongle 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 283求调剂 +10 小楼。 2026-03-12 14/700 2026-03-16 16:08 by 13811244083
[考研] 326求调剂 +4 上岸的小葡 2026-03-15 5/250 2026-03-16 08:39 by Linda Hu
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 289求调剂 +5 步川酷紫123 2026-03-11 5/250 2026-03-15 00:45 by kruisytel
[考研] 268求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-14 6/300 2026-03-14 22:20 by 运气yunqi
[考研] 321求调剂 +3 CUcat 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:25 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +5 牛乳糖的卡卡 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:05 by JourneyLucky
[考研] 0703化学调剂 +4 快乐的香蕉 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:41 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交大，材料专硕317求调剂 +5 lx8568 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:43 by peike
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 【考研调剂求收留】 +3 Ceciilia 2026-03-11 3/150 2026-03-13 20:18 by JourneyLucky
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[论文投稿] 投稿问题 5+4 星光灿烂xt 2026-03-12 6/300 2026-03-13 14:17 by god_tian
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
[考研] 279求调剂 +3 莫xiao 2026-03-10 4/200 2026-03-11 08:06 by 斩魂滴兔子！
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭