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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件
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sjnyongle

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件

各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢
在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生ligand的文件,但是CGenFF貌似很难用，我想做的ligand是：

非常感谢帮助

[ Last edited by sjnyongle on 2010-12-14 at 15:59 ]
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1楼 2010-12-14 15:51:12
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
sjnyongle(金币+8):非常感谢！ 2010-12-17 10:08:51
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-17 12:34:02
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-14 15:51:12:
各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢
在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生lig ...

paratool ,VMD里的插件，官网有教程
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3楼2010-12-16 19:55:53
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zyj8119

木虫 (著名写手)
sjnyongle(金币+1):感激！ 2010-12-17 10:09:19
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-14 15:51:12:
各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢
在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生lig ...

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4楼2010-12-16 20:09:00
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素君~~~

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。
SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules
http://www.swissparam.ch/
对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦
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5楼2015-06-16 20:20:23
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yylcx

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 素君~~~ at 2015-06-16 20:20:23
有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。
SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules
http://www.swissparam.ch/
对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦

你好，请问这个网址用的啥力场来生成的呀
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6楼2015-09-16 21:07:58
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素君~~~

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by yylcx at 2015-09-16 21:07:58
你好，请问这个网址用的啥力场来生成的呀...

This service provides topology and parameters for small organic molecules compatible with the CHARMM all atoms force field, for use with CHARMM and GROMACS
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7楼2015-09-17 16:55:28
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 素君~~~ at 2015-06-16 20:20:23
有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。
SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules
http://www.swissparam.ch/
对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦

你好，我用cgenff生成了str文件，里面包含了原子类型和电荷以及键连信息，str里面有说这个就是top文件，然后cgenff也可以下载得到，可是，下一步我要想在NAMD里做计算的话，还需要生成psf文件，要给各个原子分配力场参数，请问psf如何生成呢？貌似cgenff这个力场VMD不认。 请指教

SwissParam用的是Merck Molecular ForceField (MMFF)力场，只有范得华力用的charmm22，应该在NAMD里算不了。
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8楼2015-12-22 09:57:04
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宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-12-22 09:57:04
你好，我用cgenff生成了str文件，里面包含了原子类型和电荷以及键连信息，str里面有说这个就是top文件，然后cgenff也可以下载得到，可是，下一步我要想在NAMD里做计算的话，还需要生成psf文件，要给各个原子分 ...

你好，我目前也是遇到这个问题，请问解决了嘛？如何解决的？
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9楼2017-03-07 21:29:46
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zyj81192楼
2010-12-16 19:23   回复  
sjnyongle(金币+1):感激！ 2010-12-17 10:09:04
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-14 15:51:12: 各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢 在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生lig ...

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