应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 2862  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sjnyongle

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件

各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢
在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生ligand的文件,但是CGenFF貌似很难用，我想做的ligand是：

非常感谢帮助

[ Last edited by sjnyongle on 2010-12-14 at 15:59 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-12-14 15:51:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
sjnyongle(金币+8):非常感谢！ 2010-12-17 10:08:51
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-17 12:34:02
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-14 15:51:12:
各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢
在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生lig ...

paratool ,VMD里的插件，官网有教程
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-12-16 19:55:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
sjnyongle(金币+1):感激！ 2010-12-17 10:09:19
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-14 15:51:12:
各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢
在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生lig ...

帮你顶一下。
回复此楼
4楼2010-12-16 20:09:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

素君~~~

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。
SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules
http://www.swissparam.ch/
对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦
赞一下 回复此楼
5楼2015-06-16 20:20:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yylcx

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 素君~~~ at 2015-06-16 20:20:23
有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。
SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules
http://www.swissparam.ch/
对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦

你好，请问这个网址用的啥力场来生成的呀
赞一下 回复此楼
6楼2015-09-16 21:07:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

素君~~~

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by yylcx at 2015-09-16 21:07:58
你好，请问这个网址用的啥力场来生成的呀...

This service provides topology and parameters for small organic molecules compatible with the CHARMM all atoms force field, for use with CHARMM and GROMACS
赞一下 回复此楼
7楼2015-09-17 16:55:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 素君~~~ at 2015-06-16 20:20:23
有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。
SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules
http://www.swissparam.ch/
对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦

你好，我用cgenff生成了str文件，里面包含了原子类型和电荷以及键连信息，str里面有说这个就是top文件，然后cgenff也可以下载得到，可是，下一步我要想在NAMD里做计算的话，还需要生成psf文件，要给各个原子分配力场参数，请问psf如何生成呢？貌似cgenff这个力场VMD不认。 请指教

SwissParam用的是Merck Molecular ForceField (MMFF)力场，只有范得华力用的charmm22，应该在NAMD里算不了。
赞一下 回复此楼
8楼2015-12-22 09:57:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-12-22 09:57:04
你好，我用cgenff生成了str文件，里面包含了原子类型和电荷以及键连信息，str里面有说这个就是top文件，然后cgenff也可以下载得到，可是，下一步我要想在NAMD里做计算的话，还需要生成psf文件，要给各个原子分 ...

你好，我目前也是遇到这个问题，请问解决了嘛？如何解决的？
赞一下 回复此楼
9楼2017-03-07 21:29:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
zyj81192楼
2010-12-16 19:23   回复  
sjnyongle(金币+1):感激！ 2010-12-17 10:09:04
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-14 15:51:12: 各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢 在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生lig ...

帮顶一下。
相关版块跳转 我要订阅楼主 sjnyongle 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 308求调剂 +3 终不似从前 2026-04-05 3/150 2026-04-05 22:23 by hemengdong
[考研] 调剂 +3 李广火 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:57 by 蓝云思雨
[考研] 326求调剂 +3 顾若浮生 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:32 by 蓝云思雨
[考研] 工科277分求调剂材料 +8 上了上了上哦 2026-04-05 9/450 2026-04-05 13:05 by wwytracy
[考研] 一志愿西北农林畜牧专硕336分求调剂 +3 5ourr 2026-04-03 3/150 2026-04-05 10:40 by JOKER0401
[考研] 生物工程求调剂 +6 喜欢还是不甘心 2026-04-05 6/300 2026-04-05 10:28 by 唐沐儿
[考研] 材料化工306分找合适调剂 +14 沧海轻舟e 2026-04-04 14/700 2026-04-05 09:53 by 朱云虎202
[考研] 专硕310求调剂 +5 捞捞我…. 2026-04-04 6/300 2026-04-04 23:33 by barlinike
[考研] 考研调剂 +4 zybz冲冲冲 2026-04-03 6/300 2026-04-04 13:08 by zybz冲冲冲
[考研] 考研求调剂 +3 木心想继续深造 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:56 by 啵啵啵0119
[考研] 考研调剂 +3 Draa 2026-04-03 3/150 2026-04-03 17:37 by hgwz7468
[考研] 321求调剂 一志愿 浙江工业大学生物医药 +5 嘿嘿HC 2026-04-01 6/300 2026-04-02 15:23 by sophie2180
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +8 cs0106 2026-04-01 9/450 2026-04-02 10:36 by 不吃魚的貓
[考研] 326求调剂 +4 崽崽仔 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:58 by 我的船我的海
[考研] 288资源与环境专硕求调剂，不限专业，有学上就行 +25 lllllos 2026-03-30 26/1300 2026-04-01 09:52 by 一只好果子?
[考研] 合肥区域性重点一本招收调剂 +4 6266jl 2026-03-30 8/400 2026-03-31 18:43 by 6266jl
[考研] 254材料与化工求调剂 +3 翰冬林楠 2026-03-30 4/200 2026-03-31 17:53 by yishunmin
[考研] 物理学调剂 +4 小羊36 2026-03-30 4/200 2026-03-31 16:16 by lishahe
[考研] 313求调剂 +6 卖个关子吧 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
[考研] 本科211总分289，08工学真心求调剂 +3 utopiaE 2026-03-30 3/150 2026-03-30 23:42 by ms629
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭