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【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件
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各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢 在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生ligand的文件,但是CGenFF貌似很难用，我想做的ligand是：  非常感谢帮助 [ Last edited by sjnyongle on 2010-12-14 at 15:59 ] |
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4楼2010-12-16 20:09:00
3楼2010-12-16 19:55:53
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。 SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules http://www.swissparam.ch/ 对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦 |
5楼2015-06-16 20:20:23
6楼2015-09-16 21:07:58
简单回复
zyj81192楼
2010-12-16 19:23
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sjnyongle(金币+1):感激！ 2010-12-17 10:09:04
帮顶一下。
