应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件
51/1返回列表
查看: 2762  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

sjnyongle

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件

各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢
在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生ligand的文件,但是CGenFF貌似很难用，我想做的ligand是：

非常感谢帮助

[ Last edited by sjnyongle on 2010-12-14 at 15:59 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-12-14 15:51:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 素君~~~ at 2015-06-16 20:20:23
有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。
SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules
http://www.swissparam.ch/
对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦

你好，我用cgenff生成了str文件，里面包含了原子类型和电荷以及键连信息，str里面有说这个就是top文件，然后cgenff也可以下载得到，可是，下一步我要想在NAMD里做计算的话，还需要生成psf文件，要给各个原子分配力场参数，请问psf如何生成呢？貌似cgenff这个力场VMD不认。 请指教

SwissParam用的是Merck Molecular ForceField (MMFF)力场，只有范得华力用的charmm22，应该在NAMD里算不了。
赞一下 回复此楼
8楼2015-12-22 09:57:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
sjnyongle(金币+8):非常感谢！ 2010-12-17 10:08:51
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-17 12:34:02
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-14 15:51:12:
各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢
在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生lig ...

paratool ,VMD里的插件，官网有教程
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-12-16 19:55:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
sjnyongle(金币+1):感激！ 2010-12-17 10:09:19
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-14 15:51:12:
各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢
在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生lig ...

帮你顶一下。
回复此楼
4楼2010-12-16 20:09:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

素君~~~

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。
SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules
http://www.swissparam.ch/
对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦
赞一下 回复此楼
5楼2015-06-16 20:20:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
zyj81192楼
2010-12-16 19:23   回复  
sjnyongle(金币+1):感激！ 2010-12-17 10:09:04
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-14 15:51:12: 各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢 在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生lig ...

帮顶一下。
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭