| 查看: 3149 | 回复: 8 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件
|
|||
|
各位大虾，近来想用NAMD模拟protein和ligand复合物的动力学，但是发现ligand的topology和parameter文件不会做，不知哪位高手可否指点一二，非常感谢 在网上有看到说用CGenFF(CHARMM General force field)产生ligand的文件,但是CGenFF貌似很难用，我想做的ligand是：  非常感谢帮助 [ Last edited by sjnyongle on 2010-12-14 at 15:59 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有6人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有11人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求教：博后申请中外国教授发来email要求发送些学位文件请大家帮忙确认一下
已经有16人回复
- RAR压缩文件解密软件【转载】
已经有97人回复
- 37%甲醛溶液已经放了6年，但没产生沉淀，还能用吗？反应活性会不会降低？
已经有24人回复
- grafting to和 grafting from 方法的具体意思及区别
已经有12人回复
- 药物分子从头设计系统LigBuilder2.0发布了！
已经有22人回复
- 求助翻译“ligand-to-metal electron donation”！
已经有3人回复
- 求助：Materials Chemistry and Physics的word 模板
已经有5人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】如何利用DS获得已知配基ligand的SD files文件？
已经有8人回复
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
有一个网站在线生成配体小分子的topo文件，很不错的。 SwissParam - Topology and parameters for small organic molecules http://www.swissparam.ch/ 对配体小分子加氢保存为mol2格式，就可以生成啦 |
5楼2015-06-16 20:20:23
3楼2010-12-16 19:55:53
4楼2010-12-16 20:09:00
6楼2015-09-16 21:07:58
简单回复
zyj81192楼
2010-12-16 19:23
回复
sjnyongle(金币+1):感激！ 2010-12-17 10:09:04
帮顶一下。
