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flashlaser

铜虫 (初入文坛)


[资源] 药物分子从头设计系统LigBuilder2.0发布了!

全新药物设计系统LigBuilderV2.0已经正式发布,对学术用户免费,网址为ligbuilder.org,学术用户填写资料就可以下载。LigBuilderV2.0能够完成从靶蛋白结合位点探测、评估,到设计抑制剂、预测活性并给出分子合成路线的全过程。我们使用LigBuilderV2.0设计了CypA抑制剂,合成得到的目标分子IC50为32nM,高于现有上市药物IC50 41nM。实验优化后,IC50达到1.5nM,证明了我们的程序的有效性。(Shuaishuai Ni, Yaxia Yuan, Jin Huang, etc. "Discovering Potent Small Molecule Inhibitors of Cyclophilin A Using de Novo Drug Design Approach", J. Med. Chem. 2009, 52, 52955298)

主要功能:
1. 基于受体结构的药物结合位点预测
2. 靶标可设计性评估
3. 药物分子从头设计
4. 先导化合物优化
5. 活性片段连接
6. 抑制剂仿制
7. 结合能预测
8. 分子筛选
9. 逆向合成分析

系统要求:
1. Linux/Unix 平台
2. 完成一个靶标的设计任务需要一到三千CPU时。可单机运行也可运行于大型计算机集群,但单机运行耗时会很长。(程序使用伪并行算法,同时支持集群以及分布式计算)
3. 每个子进程需要消耗1G到3G内存。

欢迎大家使用以及提出宝贵意见!
邮箱:yxyuan@mdl.ipc.pku.edu.cn

[ Last edited by flashlaser on 2012-3-9 at 16:12 ]
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xufund

至尊木虫 (知名作家)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

good news
thanks
2楼2012-03-08 22:04:07
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鸡腿套餐

木虫 (著名写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

要求配置很高啊,一般的电脑都有点卡啊而且是Linux系统,那就意味着要装双系统了
3楼2012-03-08 22:50:06
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)


引用回帖:
3楼: Originally posted by 鸡腿套餐 at 2012-03-08 22:50:06:
要求配置很高啊,一般的电脑都有点卡啊而且是Linux系统,那就意味着要装双系统了

一次的设计量默认是一百万分子,所以计算量要求很大。但最后挑选出来的分子也就1000个左右,实际上如果用户有合适的挑选分子的方法或者规则,远远不需要设计那么多。主要因为合成一个新分子的代价比较高,对挑选准确度的要求比虚拟筛选苛刻很多,一般来说可能只会合成两三个分子,就必须保证设计的分子有生物活性的概率在30%以上。LigBuilderv2.0自己的挑选方法是基于统计信息的,所以需要很大的分子数来保证正确率。根据选择的挑选规则不同,LigBuilderv2.0挑选准确率在30%~80%左右(这个是DUD数据集测试的结果,有很强的靶标偏好性,也不是设计成功率的统计,只是个参考值)。

[ Last edited by flashlaser on 2012-3-8 at 23:43 ]
4楼2012-03-08 23:34:39
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gothid

银虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

这么好玩~LZ给个实例吧,比如用的哪个蛋白,分子库多大,时间多长,机器配置等等~
5楼2012-03-09 02:14:28
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caixin5120

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

支持 来鲁华 老师:)
6楼2012-03-09 08:56:25
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)


引用回帖:
5楼: Originally posted by gothid at 2012-03-09 02:14:28:
这么好玩~LZ给个实例吧,比如用的哪个蛋白,分子库多大,时间多长,机器配置等等~

一个实际例子:
目标:
      针对sPLA2靶标(PDB CODE: 1DB4),设计目标活性0.1uM~1nM的分子100万个。

运行系统:
     CPU:Intel(R) Xeon(R) CPU E5620@2.40GHz (4核8 线程)
     内存:3G/per session

运行时间:
     使用50个线程运算,20小时完成设计,1小时结果输出和筛选,6小时合成分析,总共27小时。

另,这个不是虚筛,不需要分子库。
7楼2012-03-09 13:19:45
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lc2633

铁虫 (著名写手)


引用回帖:
7楼: Originally posted by flashlaser at 2012-03-09 13:19:45:
一个实际例子:
目标:
      针对sPLA2靶标(PDB CODE: 1DB4),设计目标活性0.1uM~1nM的分子100万个。

运行系统:
     CPU:Intel(R) Xeon(R) CPU E5620@2.40GHz (4核8 线程)
     内存:3G/per sess ...

3000个CPU时是什么意思啊?请教您,是不是用普通的计算机难以完成啊?
8楼2012-03-09 18:42:58
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lc2633

铁虫 (著名写手)


引用回帖:
7楼: Originally posted by flashlaser at 2012-03-09 13:19:45:
一个实际例子:
目标:
      针对sPLA2靶标(PDB CODE: 1DB4),设计目标活性0.1uM~1nM的分子100万个。

运行系统:
     CPU:Intel(R) Xeon(R) CPU E5620@2.40GHz (4核8 线程)
     内存:3G/per sess ...

3000个CPU时是什么意思啊?请教您,是不是用普通的计算机难以完成啊?
9楼2012-03-09 18:43:29
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)


引用回帖:
8楼: Originally posted by lc2633 at 2012-03-09 18:42:58:
3000个CPU时是什么意思啊?请教您,是不是用普通的计算机难以完成啊?

3000CPU时就是3000CPU一起运算一小时的计算量.....如果是单CPU机器的话,就是一个CPU跑3000小时了........虽然程序输出的分子已经经过很严格的挑选,各方面属性都会比较好,但还是无法避免出现计算看起来很好实际没活性的问题。需要这么大计算量也是为了多一些选择,用更严格的规则挑选可靠性高的分子,如果你自己对目标靶标的抑制剂比较有感觉,那单CPU算个几天然后人工来挑也可以的。
10楼2012-03-09 20:19:06
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鸡腿套餐

木虫 (著名写手)


楼主有没有什么教程可以详细的介绍下软件和具体的操作流程的?
11楼2012-03-10 10:12:25
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)


内容已删除
12楼2012-03-10 10:39:59
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xufund

至尊木虫 (知名作家)


引用回帖:
7楼: Originally posted by flashlaser at 2012-03-09 13:19:45:
一个实际例子:
目标:
      针对sPLA2靶标(PDB CODE: 1DB4),设计目标活性0.1uM~1nM的分子100万个。

运行系统:
     CPU:Intel(R) Xeon(R) CPU E5620@2.40GHz (4核8 线程)
     内存:3G/per sess ...

请问,系统总共配置了多少内存?如果每个任务分配3G的话,那内存岂不是很大才行?
13楼2012-03-11 23:14:52
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)


引用回帖:
13楼: Originally posted by xufund at 2012-03-11 23:14:52:
请问,系统总共配置了多少内存?如果每个任务分配3G的话,那内存岂不是很大才行?

例子里的系统配置是24G内存,8线程,每线程3G。主要内存消耗是用来做合成分析,内存越多分析可靠性越高,这部分内存可以根据情况灵活调整。程序的最高配置是4G,最低配置可以到500MB每线程,再低也可以,但运行效率就会受影响了。
14楼2012-03-12 00:10:18
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xufund

至尊木虫 (知名作家)


对显卡要求高吗?您看下面这个配置行吗?
CPU:XEON  5335*2  8核(8核 2.0G 8M/1333HZ)
内存:16G(2GB*8DDR2 FBD-DIMM ECC REG全缓冲)
显卡:Quadro FX4500 512M
15楼2012-03-12 06:31:51
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)


引用回帖:
15楼: Originally posted by xufund at 2012-03-12 06:31:51:
对显卡要求高吗?您看下面这个配置行吗?
CPU:XEON  5335*2  8核(8核 2.0G 8M/1333HZ)
内存:16G(2GB*8DDR2 FBD-DIMM ECC REG全缓冲)
显卡:Quadro FX4500 512M

对显卡没要求,程序没有图形界面的。使用的时候根据内存大小设定一下就好了,另外如果能用的CPU比较少,可以在算的时候使用加速设定集。
16楼2012-03-12 07:09:59
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penta8165

木虫 (小有名气)


我下载了,运行configure完成配置,然后运行example里的例子,
一运行./cavity cavity.input就会出错,楼主能指点一下吗?谢谢

Version 1.0 09-02-28-14:05

Thu Mar 29 14:09:53 2012

Cavity search begining ...
Now reading parameters from 'cavity.input' ...
Search Rule : Depth-Volume Limit ...
Number of atoms = 0
Search Mode : Whole Protein Mode ...
Now reading the protein from 'receptor/1db4.pdb' ...
Detecting chain : single chain of a monomer  + HETMETAL
Protein checking: Pass
Center of protein is  59.2  32.5  41.7
Now defining the box by protein ...
Now analyzing the protein ...
SelfHB = 89.944138 HB num = 104 Check 136
Now detecting cavity in the box ...
Whole protein search need more time, please wait ...
Segmentation fault
18楼2012-03-29 14:27:52
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penta8165

木虫 (小有名气)


问题解决了。
要先运行ulimit -s unlimited   
还有openbabel版本要2.3以上
19楼2012-03-29 14:33:24
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普通回帖

xufund

至尊木虫 (知名作家)


期待开发有图形界面的
17楼2012-03-24 23:11:40
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kakasu8270

银虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

你好 最近用此软件做药物设计 计算机为8核8G内存,想请教一下以下详细参数的设置,session number,遗传算法中generation、population、parents数目,合成分析中custom prime的数值,谢谢了
20楼2013-03-18 09:19:50
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yaozhq

金虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错呀
21楼2013-03-18 10:51:34
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wengpeng55

金虫 (正式写手)


23楼2016-04-03 23:24:56
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简单回复
xiaowu75922楼
2013-03-18 17:52   回复  
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