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药物分子从头设计系统LigBuilder2.0发布了！
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全新药物设计系统LigBuilderV2.0已经正式发布，对学术用户免费，网址为ligbuilder.org，学术用户填写资料就可以下载。LigBuilderV2.0能够完成从靶蛋白结合位点探测、评估，到设计抑制剂、预测活性并给出分子合成路线的全过程。我们使用LigBuilderV2.0设计了CypA抑制剂，合成得到的目标分子IC50为32nM，高于现有上市药物IC50 41nM。实验优化后，IC50达到1.5nM，证明了我们的程序的有效性。(Shuaishuai Ni, Yaxia Yuan, Jin Huang, etc. "Discovering Potent Small Molecule Inhibitors of Cyclophilin A Using de Novo Drug Design Approach", J. Med. Chem. 2009, 52, 52955298) 主要功能： 1. 基于受体结构的药物结合位点预测 2. 靶标可设计性评估 3. 药物分子从头设计 4. 先导化合物优化 5. 活性片段连接 6. 抑制剂仿制 7. 结合能预测 8. 分子筛选 9. 逆向合成分析 系统要求： 1. Linux/Unix 平台 2. 完成一个靶标的设计任务需要一到三千CPU时。可单机运行也可运行于大型计算机集群，但单机运行耗时会很长。（程序使用伪并行算法，同时支持集群以及分布式计算） 3. 每个子进程需要消耗1G到3G内存。 欢迎大家使用以及提出宝贵意见！ 邮箱：yxyuan@mdl.ipc.pku.edu.cn [ Last edited by flashlaser on 2012-3-9 at 16:12 ] |
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2楼2012-03-08 22:04:07
3楼2012-03-08 22:50:06
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一次的设计量默认是一百万分子，所以计算量要求很大。但最后挑选出来的分子也就1000个左右，实际上如果用户有合适的挑选分子的方法或者规则，远远不需要设计那么多。主要因为合成一个新分子的代价比较高，对挑选准确度的要求比虚拟筛选苛刻很多，一般来说可能只会合成两三个分子，就必须保证设计的分子有生物活性的概率在30%以上。LigBuilderv2.0自己的挑选方法是基于统计信息的，所以需要很大的分子数来保证正确率。根据选择的挑选规则不同，LigBuilderv2.0挑选准确率在30%~80%左右（这个是DUD数据集测试的结果，有很强的靶标偏好性，也不是设计成功率的统计，只是个参考值）。 [ Last edited by flashlaser on 2012-3-8 at 23:43 ] |
4楼2012-03-08 23:34:39
5楼2012-03-09 02:14:28
6楼2012-03-09 08:56:25
7楼2012-03-09 13:19:45
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14楼2012-03-12 00:10:18
15楼2012-03-12 06:31:51
16楼2012-03-12 07:09:59
17楼2012-03-24 23:11:40
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我下载了，运行configure完成配置，然后运行example里的例子， 一运行./cavity cavity.input就会出错，楼主能指点一下吗？谢谢 Version 1.0 09-02-28-14:05 Thu Mar 29 14:09:53 2012 Cavity search begining ... Now reading parameters from 'cavity.input' ... Search Rule : Depth-Volume Limit ... Number of atoms = 0 Search Mode : Whole Protein Mode ... Now reading the protein from 'receptor/1db4.pdb' ... Detecting chain : single chain of a monomer + HETMETAL Protein checking: Pass Center of protein is 59.2 32.5 41.7 Now defining the box by protein ... Now analyzing the protein ... SelfHB = 89.944138 HB num = 104 Check 136 Now detecting cavity in the box ... Whole protein search need more time, please wait ... Segmentation fault |
18楼2012-03-29 14:27:52
19楼2012-03-29 14:33:24
20楼2013-03-18 09:19:50
21楼2013-03-18 10:51:34
23楼2016-04-03 23:24:56
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xiaowu75922楼
2013-03-18 17:52
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五星好评 谢谢分享！
