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药物分子从头设计系统LigBuilder2.0发布了！
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全新药物设计系统LigBuilderV2.0已经正式发布，对学术用户免费，网址为ligbuilder.org，学术用户填写资料就可以下载。LigBuilderV2.0能够完成从靶蛋白结合位点探测、评估，到设计抑制剂、预测活性并给出分子合成路线的全过程。我们使用LigBuilderV2.0设计了CypA抑制剂，合成得到的目标分子IC50为32nM，高于现有上市药物IC50 41nM。实验优化后，IC50达到1.5nM，证明了我们的程序的有效性。(Shuaishuai Ni, Yaxia Yuan, Jin Huang, etc. "Discovering Potent Small Molecule Inhibitors of Cyclophilin A Using de Novo Drug Design Approach", J. Med. Chem. 2009, 52, 52955298) 主要功能： 1. 基于受体结构的药物结合位点预测 2. 靶标可设计性评估 3. 药物分子从头设计 4. 先导化合物优化 5. 活性片段连接 6. 抑制剂仿制 7. 结合能预测 8. 分子筛选 9. 逆向合成分析 系统要求： 1. Linux/Unix 平台 2. 完成一个靶标的设计任务需要一到三千CPU时。可单机运行也可运行于大型计算机集群，但单机运行耗时会很长。（程序使用伪并行算法，同时支持集群以及分布式计算） 3. 每个子进程需要消耗1G到3G内存。 欢迎大家使用以及提出宝贵意见！ 邮箱：yxyuan@mdl.ipc.pku.edu.cn [ Last edited by flashlaser on 2012-3-9 at 16:12 ] |
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