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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 资源 » 药物分子从头设计系统LigBuilder2.0发布了！
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)

[资源] 药物分子从头设计系统LigBuilder2.0发布了！

全新药物设计系统LigBuilderV2.0已经正式发布，对学术用户免费，网址为ligbuilder.org，学术用户填写资料就可以下载。LigBuilderV2.0能够完成从靶蛋白结合位点探测、评估，到设计抑制剂、预测活性并给出分子合成路线的全过程。我们使用LigBuilderV2.0设计了CypA抑制剂，合成得到的目标分子IC50为32nM，高于现有上市药物IC50 41nM。实验优化后，IC50达到1.5nM，证明了我们的程序的有效性。(Shuaishuai Ni, Yaxia Yuan, Jin Huang, etc. "Discovering Potent Small Molecule Inhibitors of Cyclophilin A Using de Novo Drug Design Approach", J. Med. Chem. 2009, 52, 52955298)

主要功能：
1. 基于受体结构的药物结合位点预测
2. 靶标可设计性评估
3. 药物分子从头设计
4. 先导化合物优化
5. 活性片段连接
6. 抑制剂仿制
7. 结合能预测
8. 分子筛选
9. 逆向合成分析

系统要求：
1. Linux/Unix 平台
2. 完成一个靶标的设计任务需要一到三千CPU时。可单机运行也可运行于大型计算机集群，但单机运行耗时会很长。（程序使用伪并行算法，同时支持集群以及分布式计算）
3. 每个子进程需要消耗1G到3G内存。

欢迎大家使用以及提出宝贵意见！
邮箱：yxyuan@mdl.ipc.pku.edu.cn

[ Last edited by flashlaser on 2012-3-9 at 16:12 ]
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1楼 2012-03-08 18:29:32
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回帖置顶 ( 共有17个 )

xufund

至尊木虫 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

good news
thanks
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2楼2012-03-08 22:04:07
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鸡腿套餐

木虫 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

要求配置很高啊，一般的电脑都有点卡啊而且是Linux系统，那就意味着要装双系统了
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3楼2012-03-08 22:50:06
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 鸡腿套餐 at 2012-03-08 22:50:06:
要求配置很高啊，一般的电脑都有点卡啊而且是Linux系统，那就意味着要装双系统了

一次的设计量默认是一百万分子，所以计算量要求很大。但最后挑选出来的分子也就1000个左右，实际上如果用户有合适的挑选分子的方法或者规则，远远不需要设计那么多。主要因为合成一个新分子的代价比较高，对挑选准确度的要求比虚拟筛选苛刻很多，一般来说可能只会合成两三个分子，就必须保证设计的分子有生物活性的概率在30%以上。LigBuilderv2.0自己的挑选方法是基于统计信息的，所以需要很大的分子数来保证正确率。根据选择的挑选规则不同，LigBuilderv2.0挑选准确率在30%~80%左右（这个是DUD数据集测试的结果，有很强的靶标偏好性，也不是设计成功率的统计，只是个参考值）。

[ Last edited by flashlaser on 2012-3-8 at 23:43 ]
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4楼2012-03-08 23:34:39
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gothid

银虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

这么好玩～LZ给个实例吧，比如用的哪个蛋白，分子库多大，时间多长，机器配置等等～
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5楼2012-03-09 02:14:28
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caixin5120

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

支持 来鲁华 老师：）
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6楼2012-03-09 08:56:25
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gothid at 2012-03-09 02:14:28:
这么好玩～LZ给个实例吧，比如用的哪个蛋白，分子库多大，时间多长，机器配置等等～

一个实际例子：
目标：
      针对sPLA2靶标（PDB CODE: 1DB4)，设计目标活性0.1uM~1nM的分子100万个。

运行系统:
     CPU：Intel(R) Xeon(R) CPU E5620@2.40GHz （4核8 线程）
     内存：3G/per session

运行时间：
     使用50个线程运算，20小时完成设计，1小时结果输出和筛选，6小时合成分析，总共27小时。

另，这个不是虚筛，不需要分子库。
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7楼2012-03-09 13:19:45
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lc2633

铁虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by flashlaser at 2012-03-09 13:19:45:
一个实际例子：
目标：
      针对sPLA2靶标（PDB CODE: 1DB4)，设计目标活性0.1uM~1nM的分子100万个。

运行系统:
     CPU：Intel(R) Xeon(R) CPU E5620@2.40GHz （4核8 线程）
     内存：3G/per sess ...

3000个CPU时是什么意思啊？请教您，是不是用普通的计算机难以完成啊？
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8楼2012-03-09 18:42:58
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lc2633

铁虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by flashlaser at 2012-03-09 13:19:45:
一个实际例子：
目标：
      针对sPLA2靶标（PDB CODE: 1DB4)，设计目标活性0.1uM~1nM的分子100万个。

运行系统:
     CPU：Intel(R) Xeon(R) CPU E5620@2.40GHz （4核8 线程）
     内存：3G/per sess ...

3000个CPU时是什么意思啊？请教您，是不是用普通的计算机难以完成啊？
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9楼2012-03-09 18:43:29
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lc2633 at 2012-03-09 18:42:58:
3000个CPU时是什么意思啊？请教您，是不是用普通的计算机难以完成啊？

3000CPU时就是3000CPU一起运算一小时的计算量.....如果是单CPU机器的话，就是一个CPU跑3000小时了........虽然程序输出的分子已经经过很严格的挑选，各方面属性都会比较好，但还是无法避免出现计算看起来很好实际没活性的问题。需要这么大计算量也是为了多一些选择，用更严格的规则挑选可靠性高的分子，如果你自己对目标靶标的抑制剂比较有感觉，那单CPU算个几天然后人工来挑也可以的。
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10楼2012-03-09 20:19:06
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鸡腿套餐

木虫 (著名写手)
楼主有没有什么教程可以详细的介绍下软件和具体的操作流程的？
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11楼2012-03-10 10:12:25
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)
内容已删除
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12楼2012-03-10 10:39:59
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by flashlaser at 2012-03-09 13:19:45:
一个实际例子：
目标：
      针对sPLA2靶标（PDB CODE: 1DB4)，设计目标活性0.1uM~1nM的分子100万个。

运行系统:
     CPU：Intel(R) Xeon(R) CPU E5620@2.40GHz （4核8 线程）
     内存：3G/per sess ...

请问，系统总共配置了多少内存？如果每个任务分配3G的话，那内存岂不是很大才行？
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13楼2012-03-11 23:14:52
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
13楼: Originally posted by xufund at 2012-03-11 23:14:52:
请问，系统总共配置了多少内存？如果每个任务分配3G的话，那内存岂不是很大才行？

例子里的系统配置是24G内存，8线程，每线程3G。主要内存消耗是用来做合成分析，内存越多分析可靠性越高，这部分内存可以根据情况灵活调整。程序的最高配置是4G，最低配置可以到500MB每线程，再低也可以，但运行效率就会受影响了。
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14楼2012-03-12 00:10:18
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
对显卡要求高吗？您看下面这个配置行吗？
CPU:XEON  5335*2  8核(8核 2.0G 8M/1333HZ)
内存：16G(2GB*8DDR2 FBD-DIMM ECC REG全缓冲)
显卡：Quadro FX4500 512M
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15楼2012-03-12 06:31:51
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flashlaser

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
15楼: Originally posted by xufund at 2012-03-12 06:31:51:
对显卡要求高吗？您看下面这个配置行吗？
CPU:XEON  5335*2  8核(8核 2.0G 8M/1333HZ)
内存：16G(2GB*8DDR2 FBD-DIMM ECC REG全缓冲)
显卡：Quadro FX4500 512M

对显卡没要求，程序没有图形界面的。使用的时候根据内存大小设定一下就好了，另外如果能用的CPU比较少，可以在算的时候使用加速设定集。
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16楼2012-03-12 07:09:59
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penta8165

木虫 (小有名气)
我下载了，运行configure完成配置，然后运行example里的例子，
一运行./cavity cavity.input就会出错，楼主能指点一下吗？谢谢

Version 1.0 09-02-28-14:05

Thu Mar 29 14:09:53 2012

Cavity search begining ...
Now reading parameters from 'cavity.input' ...
Search Rule : Depth-Volume Limit ...
Number of atoms = 0
Search Mode : Whole Protein Mode ...
Now reading the protein from 'receptor/1db4.pdb' ...
Detecting chain : single chain of a monomer  + HETMETAL
Protein checking: Pass
Center of protein is  59.2  32.5  41.7
Now defining the box by protein ...
Now analyzing the protein ...
SelfHB = 89.944138 HB num = 104 Check 136
Now detecting cavity in the box ...
Whole protein search need more time, please wait ...
Segmentation fault
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18楼2012-03-29 14:27:52
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penta8165

木虫 (小有名气)
问题解决了。
要先运行ulimit -s unlimited   
还有openbabel版本要2.3以上
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19楼2012-03-29 14:33:24
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普通回帖

xufund

至尊木虫 (知名作家)
期待开发有图形界面的
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17楼2012-03-24 23:11:40
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kakasu8270

银虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

你好 最近用此软件做药物设计 计算机为8核8G内存，想请教一下以下详细参数的设置，session number，遗传算法中generation、population、parents数目，合成分析中custom prime的数值，谢谢了
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20楼2013-03-18 09:19:50
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yaozhq

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错呀
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21楼2013-03-18 10:51:34
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wengpeng55

金虫 (正式写手)
谢谢楼主

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23楼2016-04-03 23:24:56
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xiaowu75922楼
2013-03-18 17:52   回复  
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