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[交流] 【求助】如何利用DS获得已知配基ligand的SD files文件?已有4人参与

如何利用DS获得已知配基ligand的SD files文件?想利用此SD files文件获得受体的活性口袋
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我的意思是,已知受体和配基复合物的PDB文件,以此受体作为靶向受体进行docking,因为必须要定义受体活性位点,我想用这个配基的结合口袋作为“受体活性位点”,所以必须知道此配基ligand的SD files,怎样才能得到这样的文件?
3楼2009-12-09 01:25:07
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引用回帖:
Originally posted by tingjun at 2009-12-12 17:35:
不用知道配体的文件也行,你可以选中配体,然后以此来直接定义受体的活性口袋,定义好后,就可以删掉配体做对接 了。如果你想得到配体的sd文件,可以在DS中选中配体然后只显示配体,将其另存为sd文件,即可,随后 ...

谢谢tingjun,用DS好像不能存为SD文件,默认是存为mol文件,我已经成功将LIGAND存为mol文件,然后通过copy-paste的方法插入到纯蛋白PDB文件中了,再次谢谢
5楼2009-12-15 21:19:40
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引用回帖:
Originally posted by chzhbin at 2010-10-05 04:26:31:


真能熬夜 呵呵

不能熬了,这段时间熬夜,皮肤差了好多,呜呜呜呜呜
8楼2010-10-12 18:46:53
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