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胡成海

金虫 (小有名气)


[交流] sybyl做分子对接,画的小分子对接不成功

小虫用sybyl-x1.2做受体与小分子间的对接,当用受体内提取出来的小分子的时候对接成功,但是当用自己画的小分子做对接的时候却总是显示对接失败,小分子格式mol2,而且对接前有加氢和能量最小化!不知道这是为何,请各位牛人多指点迷津!不甚感激呀!!

[ Last edited by 胡成海 on 2012-11-23 at 17:06 ]
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ky96998

金虫 (小有名气)


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chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:13
引用回帖:
6楼: Originally posted by 胡成海 at 2012-11-24 22:26:09
这个我不知道怎么查看,亲!...

首先你要了解sybyl对原子和键类型的定义,说明书里面有,了解之后,你把原子类型和键类型显示出来,一一查看,有问题的修改过来。原子类型和键类型有错误的对分子对接的影响很大。已氢键为例,如果你把含有孤对电子的原子类型定义错了,那么就有可能表征为没有孤对电子,那么氢键就无法形成,那结果就可想而知了!建议你认真参阅sybyl的说明书
16楼2012-11-29 15:44:11
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普通回帖

liaibo

金虫 (小有名气)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:22
建议使用gold。。。sybyl精度差了点
2楼2012-11-23 19:53:31
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ky96998

金虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
胡成海: 金币+1 2012-11-24 22:27:02
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-25 18:56:13
胡成海: 金币+1 2012-11-26 23:41:39
检查自己画的小分子的键类型和原子类型是否正确
3楼2012-11-24 11:33:20
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)


★ ★
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胡成海: 金币+1 2012-11-24 22:28:29
很正常啊,你想象一个结构就能对接进去的吗?机器是神仙吗?再怎么着也得建立在合理的基础上。
4楼2012-11-24 17:08:38
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wl507586

禁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

5楼2012-11-24 19:34:08
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胡成海

金虫 (小有名气)


引用回帖:
3楼: Originally posted by ky96998 at 2012-11-24 11:33:20
检查自己画的小分子的键类型和原子类型是否正确

这个我不知道怎么查看,亲!
6楼2012-11-24 22:26:09
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胡成海

金虫 (小有名气)


引用回帖:
4楼: Originally posted by pkuchemistry at 2012-11-24 17:08:38
很正常啊,你想象一个结构就能对接进去的吗?机器是神仙吗?再怎么着也得建立在合理的基础上。

亲,画的结构肯定是合理的!因为我画的小分子就是原先配体-受体复合物中的配体!
7楼2012-11-24 22:28:18
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胡成海

金虫 (小有名气)


引用回帖:
5楼: Originally posted by wl507586 at 2012-11-24 19:34:08
是不是受体的问题啊

受体应该没问题,因为我用这个受体与从配体-受体复合物中提取出来的配体对接过呀,是成功的!
8楼2012-11-24 22:30:40
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zhengaj

木虫 (小有名气)


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胡成海: 金币+2 2012-11-26 22:54:06
画的小分子结构外部名称与内部名称是否一致?
9楼2012-11-25 00:28:25
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
胡成海: 金币+1 2012-11-26 23:40:47
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:40
引用回帖:
7楼: Originally posted by 胡成海 at 2012-11-24 22:28:18
亲,画的结构肯定是合理的!因为我画的小分子就是原先配体-受体复合物中的配体!...

搭建结构之后有没有进行能量优化?有没有加氢加电荷?对接的盒子有没选对位置?还不行的话我不推荐sybyl对接,还不如autodock
10楼2012-11-25 11:50:32
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windf1ower

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 胡成海 at 2012-11-24 22:26:09
这个我不知道怎么查看,亲!...

菜单→View→Label→Molecules→Atom Type: Tripos
具体每种原子类型对照这里http://bbs.tri-ibiotech.com/archiver/tid-1826.html

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11楼2012-11-26 00:38:16
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windf1ower

金虫 (正式写手)


理论上讲你晶体里提出来的配体能对回去的话,自己画的结构只要原子类型都一样应该也能对回去。
如果再不对的话把初始构象数和可旋转键数增大一点,默认的是20和100
12楼2012-11-26 00:39:37
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胡成海

金虫 (小有名气)


引用回帖:
9楼: Originally posted by zhengaj at 2012-11-25 00:28:25
画的小分子结构外部名称与内部名称是否一致?

请问外部名称和内部名称分别怎么看啊?
13楼2012-11-26 22:55:11
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胡成海

金虫 (小有名气)


送鲜花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by windf1ower at 2012-11-26 00:38:16
菜单→View→Label→Molecules→Atom Type: Tripos
具体每种原子类型对照这里http://bbs.tri-ibiotech.com/archiver/tid-1826.html...

谢谢!
14楼2012-11-26 23:28:42
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126406380

金虫 (著名写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
肯定是你的小分子有些问题,换成pdb格式的。我现在用的是SYBYL-X2.0的,用的不错啊
15楼2012-11-27 12:17:19
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胡成海

金虫 (小有名气)


引用回帖:
16楼: Originally posted by ky96998 at 2012-11-29 15:44:11
首先你要了解sybyl对原子和键类型的定义,说明书里面有,了解之后,你把原子类型和键类型显示出来,一一查看,有问题的修改过来。原子类型和键类型有错误的对分子对接的影响很大。已氢键为例,如果你把含有孤对电子 ...

谢谢指点!必当认真研习!
17楼2012-11-29 23:43:05
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