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胡成海

金虫 (小有名气)


[交流] sybyl做分子对接,画的小分子对接不成功

小虫用sybyl-x1.2做受体与小分子间的对接,当用受体内提取出来的小分子的时候对接成功,但是当用自己画的小分子做对接的时候却总是显示对接失败,小分子格式mol2,而且对接前有加氢和能量最小化!不知道这是为何,请各位牛人多指点迷津!不甚感激呀!!

[ Last edited by 胡成海 on 2012-11-23 at 17:06 ]
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胡成海

金虫 (小有名气)


引用回帖:
5楼: Originally posted by wl507586 at 2012-11-24 19:34:08
是不是受体的问题啊

受体应该没问题,因为我用这个受体与从配体-受体复合物中提取出来的配体对接过呀,是成功的!
8楼2012-11-24 22:30:40
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liaibo

金虫 (小有名气)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:22
建议使用gold。。。sybyl精度差了点
2楼2012-11-23 19:53:31
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ky96998

金虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
胡成海: 金币+1 2012-11-24 22:27:02
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-25 18:56:13
胡成海: 金币+1 2012-11-26 23:41:39
检查自己画的小分子的键类型和原子类型是否正确
3楼2012-11-24 11:33:20
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
胡成海: 金币+1 2012-11-24 22:28:29
很正常啊,你想象一个结构就能对接进去的吗?机器是神仙吗?再怎么着也得建立在合理的基础上。
4楼2012-11-24 17:08:38
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