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胡成海

金虫 (小有名气)

[交流] sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功

小虫用sybyl-x1.2做受体与小分子间的对接，当用受体内提取出来的小分子的时候对接成功，但是当用自己画的小分子做对接的时候却总是显示对接失败，小分子格式mol2，而且对接前有加氢和能量最小化！不知道这是为何，请各位牛人多指点迷津！不甚感激呀！！

[ Last edited by 胡成海 on 2012-11-23 at 17:06 ]
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1楼 2012-11-23 17:03:55
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ky96998

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
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chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:13
引用回帖:
6楼: Originally posted by 胡成海 at 2012-11-24 22:26:09
这个我不知道怎么查看，亲！...

首先你要了解sybyl对原子和键类型的定义，说明书里面有，了解之后，你把原子类型和键类型显示出来，一一查看，有问题的修改过来。原子类型和键类型有错误的对分子对接的影响很大。已氢键为例，如果你把含有孤对电子的原子类型定义错了，那么就有可能表征为没有孤对电子，那么氢键就无法形成，那结果就可想而知了！建议你认真参阅sybyl的说明书
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16楼2012-11-29 15:44:11
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liaibo

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:22
建议使用gold。。。sybyl精度差了点
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2楼2012-11-23 19:53:31
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ky96998

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
胡成海: 金币+1 2012-11-24 22:27:02
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-25 18:56:13
胡成海: 金币+1 2012-11-26 23:41:39
检查自己画的小分子的键类型和原子类型是否正确
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3楼2012-11-24 11:33:20
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pkuchemistry

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★ ★
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胡成海: 金币+1 2012-11-24 22:28:29
很正常啊，你想象一个结构就能对接进去的吗？机器是神仙吗？再怎么着也得建立在合理的基础上。
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4楼2012-11-24 17:08:38
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