24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

胡成海

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1182.5
帖子: 98
在线: 58.3小时
虫号: 1352119

[交流] sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功

小虫用sybyl-x1.2做受体与小分子间的对接，当用受体内提取出来的小分子的时候对接成功，但是当用自己画的小分子做对接的时候却总是显示对接失败，小分子格式mol2，而且对接前有加氢和能量最小化！不知道这是为何，请各位牛人多指点迷津！不甚感激呀！！

[ Last edited by 胡成海 on 2012-11-23 at 17:06 ]

回复此楼

» 猜你喜欢

求个博导看看已经有17人回复
青基代表作，AAAI之类的A会的special track在国内认可度高吗？还是归为workshop之流？已经有3人回复
上海工程技术大学【激光智能制造】课题组招收硕士已经有6人回复
带资进组求博导收留已经有11人回复
自荐读博已经有5人回复
上海工程技术大学张培磊教授团队招收博士生已经有4人回复
求助院士们，这个如何合成呀已经有4人回复
临港实验室与上科大联培博士招生1名已经有9人回复
写了一篇“相变储能技术在冷库中应用”的论文，论文内容以实验为主，投什么期刊合适？已经有6人回复
最近几年招的学生写论文不引自己组发的文章已经有11人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

对接中用sybyl画出了配体的结构式对接时报错已经有8人回复
请教各位大牛，SYBYL-X中，SURFLEX-DOCK可加两个配体吗？可加水箱进行对接吗？已经有7人回复
求助：蛋白质对接分子动力学已经有10人回复
分子对接及打分函数已经有12人回复
配体与打分分子不能很好对接，怎么回事？已经有8人回复
关于分子对接问题已经有7人回复
分子对接什么时候去水，什么时候不去水？已经有15人回复
用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题已经有6人回复
【求助】分子对接请教已经有7人回复
【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？已经有7人回复
【求助】分子对接软件到底哪个好？已经有13人回复
【求助】glide 对接的分数是-8.41，可以吗？多少算对接成功？已经有9人回复
【求助】DS分子对接为什么出现0pose 已经有14人回复
【讨论】分子对接的基本问题已经有8人回复
【求助】sybyl对接请教已经有12人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2012-11-23 17:03:55

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ky96998

金虫 (小有名气)

模拟EPI: 2
应助: 8 (幼儿园)
金币: 1448
帖子: 244
在线: 33.9小时
虫号: 428567

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:13

引用回帖:

6楼: Originally posted by 胡成海 at 2012-11-24 22:26:09
这个我不知道怎么查看，亲！...

首先你要了解sybyl对原子和键类型的定义，说明书里面有，了解之后，你把原子类型和键类型显示出来，一一查看，有问题的修改过来。原子类型和键类型有错误的对分子对接的影响很大。已氢键为例，如果你把含有孤对电子的原子类型定义错了，那么就有可能表征为没有孤对电子，那么氢键就无法形成，那结果就可想而知了！建议你认真参阅sybyl的说明书