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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功
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胡成海

金虫 (小有名气)

[交流] sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功

小虫用sybyl-x1.2做受体与小分子间的对接，当用受体内提取出来的小分子的时候对接成功，但是当用自己画的小分子做对接的时候却总是显示对接失败，小分子格式mol2，而且对接前有加氢和能量最小化！不知道这是为何，请各位牛人多指点迷津！不甚感激呀！！

[ Last edited by 胡成海 on 2012-11-23 at 17:06 ]
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1楼 2012-11-23 17:03:55
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ky96998

金虫 (小有名气)
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chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:13
引用回帖:
6楼: Originally posted by 胡成海 at 2012-11-24 22:26:09
这个我不知道怎么查看，亲！...

首先你要了解sybyl对原子和键类型的定义，说明书里面有，了解之后，你把原子类型和键类型显示出来，一一查看，有问题的修改过来。原子类型和键类型有错误的对分子对接的影响很大。已氢键为例，如果你把含有孤对电子的原子类型定义错了，那么就有可能表征为没有孤对电子，那么氢键就无法形成，那结果就可想而知了！建议你认真参阅sybyl的说明书
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16楼2012-11-29 15:44:11
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liaibo

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:22
建议使用gold。。。sybyl精度差了点
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2楼2012-11-23 19:53:31
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ky96998

金虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
胡成海: 金币+1 2012-11-24 22:27:02
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-25 18:56:13
胡成海: 金币+1 2012-11-26 23:41:39
检查自己画的小分子的键类型和原子类型是否正确
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3楼2012-11-24 11:33:20
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
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胡成海: 金币+1 2012-11-24 22:28:29
很正常啊，你想象一个结构就能对接进去的吗？机器是神仙吗？再怎么着也得建立在合理的基础上。
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4楼2012-11-24 17:08:38
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wl507586

禁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
5楼2012-11-24 19:34:08
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胡成海

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ky96998 at 2012-11-24 11:33:20
检查自己画的小分子的键类型和原子类型是否正确

这个我不知道怎么查看，亲！
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6楼2012-11-24 22:26:09
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胡成海

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pkuchemistry at 2012-11-24 17:08:38
很正常啊，你想象一个结构就能对接进去的吗？机器是神仙吗？再怎么着也得建立在合理的基础上。

亲，画的结构肯定是合理的！因为我画的小分子就是原先配体-受体复合物中的配体！
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7楼2012-11-24 22:28:18
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胡成海

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wl507586 at 2012-11-24 19:34:08
是不是受体的问题啊

受体应该没问题，因为我用这个受体与从配体-受体复合物中提取出来的配体对接过呀，是成功的！
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8楼2012-11-24 22:30:40
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zhengaj

木虫 (小有名气)
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胡成海: 金币+2 2012-11-26 22:54:06
画的小分子结构外部名称与内部名称是否一致？
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9楼2012-11-25 00:28:25
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pkuchemistry

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胡成海: 金币+1 2012-11-26 23:40:47
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:40
引用回帖:
7楼: Originally posted by 胡成海 at 2012-11-24 22:28:18
亲，画的结构肯定是合理的！因为我画的小分子就是原先配体-受体复合物中的配体！...

搭建结构之后有没有进行能量优化？有没有加氢加电荷？对接的盒子有没选对位置？还不行的话我不推荐sybyl对接，还不如autodock
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10楼2012-11-25 11:50:32
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windf1ower

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 胡成海 at 2012-11-24 22:26:09
这个我不知道怎么查看，亲！...

菜单→View→Label→Molecules→Atom Type: Tripos
具体每种原子类型对照这里http://bbs.tri-ibiotech.com/archiver/tid-1826.html
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胡成海
11楼2012-11-26 00:38:16
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windf1ower

金虫 (正式写手)
理论上讲你晶体里提出来的配体能对回去的话，自己画的结构只要原子类型都一样应该也能对回去。
如果再不对的话把初始构象数和可旋转键数增大一点，默认的是20和100
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12楼2012-11-26 00:39:37
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胡成海

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhengaj at 2012-11-25 00:28:25
画的小分子结构外部名称与内部名称是否一致？

请问外部名称和内部名称分别怎么看啊？
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13楼2012-11-26 22:55:11
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胡成海

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by windf1ower at 2012-11-26 00:38:16
菜单→View→Label→Molecules→Atom Type: Tripos
具体每种原子类型对照这里http://bbs.tri-ibiotech.com/archiver/tid-1826.html...

谢谢！
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14楼2012-11-26 23:28:42
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126406380

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
肯定是你的小分子有些问题，换成pdb格式的。我现在用的是SYBYL-X2.0的，用的不错啊
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15楼2012-11-27 12:17:19
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胡成海

金虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by ky96998 at 2012-11-29 15:44:11
首先你要了解sybyl对原子和键类型的定义，说明书里面有，了解之后，你把原子类型和键类型显示出来，一一查看，有问题的修改过来。原子类型和键类型有错误的对分子对接的影响很大。已氢键为例，如果你把含有孤对电子 ...

谢谢指点！必当认真研习！
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17楼2012-11-29 23:43:05
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