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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功
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胡成海

金虫 (小有名气)

[交流] sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功

小虫用sybyl-x1.2做受体与小分子间的对接，当用受体内提取出来的小分子的时候对接成功，但是当用自己画的小分子做对接的时候却总是显示对接失败，小分子格式mol2，而且对接前有加氢和能量最小化！不知道这是为何，请各位牛人多指点迷津！不甚感激呀！！

[ Last edited by 胡成海 on 2012-11-23 at 17:06 ]
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1楼 2012-11-23 17:03:55
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windf1ower

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 胡成海 at 2012-11-24 22:26:09
这个我不知道怎么查看，亲！...

菜单→View→Label→Molecules→Atom Type: Tripos
具体每种原子类型对照这里http://bbs.tri-ibiotech.com/archiver/tid-1826.html
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胡成海
11楼2012-11-26 00:38:16
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windf1ower

金虫 (正式写手)
理论上讲你晶体里提出来的配体能对回去的话，自己画的结构只要原子类型都一样应该也能对回去。
如果再不对的话把初始构象数和可旋转键数增大一点，默认的是20和100
赞一下 回复此楼
12楼2012-11-26 00:39:37
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