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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功
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胡成海

金虫 (小有名气)

[交流] sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功

小虫用sybyl-x1.2做受体与小分子间的对接，当用受体内提取出来的小分子的时候对接成功，但是当用自己画的小分子做对接的时候却总是显示对接失败，小分子格式mol2，而且对接前有加氢和能量最小化！不知道这是为何，请各位牛人多指点迷津！不甚感激呀！！

[ Last edited by 胡成海 on 2012-11-23 at 17:06 ]
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1楼2012-11-23 17:03:55
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windf1ower

金虫 (正式写手)
理论上讲你晶体里提出来的配体能对回去的话，自己画的结构只要原子类型都一样应该也能对回去。
如果再不对的话把初始构象数和可旋转键数增大一点，默认的是20和100
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问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
12楼2012-11-26 00:39:37
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liaibo

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:22
建议使用gold。。。sybyl精度差了点
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2楼2012-11-23 19:53:31
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ky96998

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
胡成海: 金币+1 2012-11-24 22:27:02
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-25 18:56:13
胡成海: 金币+1 2012-11-26 23:41:39
检查自己画的小分子的键类型和原子类型是否正确
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3楼2012-11-24 11:33:20
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
胡成海: 金币+1 2012-11-24 22:28:29
很正常啊，你想象一个结构就能对接进去的吗？机器是神仙吗？再怎么着也得建立在合理的基础上。
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
4楼2012-11-24 17:08:38
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