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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接什么时候去水，什么时候不去水？
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lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 分子对接什么时候去水，什么时候不去水？

求教各位高手：

     在做分子对接时什么情况下要去水，什么情况下不去水？跟使用的软件有没有关系呢？

拜谢！
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1楼2011-06-13 09:13:02
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lily_llf(金币+2): 2011-06-13 13:50:33
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-06-21 18:15:20
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-06-13 09:13:02:
求教各位高手：

     在做分子对接时什么情况下要去水，什么情况下不去水？跟使用的软件有没有关系呢？

拜谢！

目前大多数分子对接软件都不是不考虑水的作用的，因此，在很多软件，比如AD,MVD等对接前都是要把水去掉的，但据我所知，GOLD是可以考虑水的作用的~其他对接软件没用过
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-06-13 13:30:49
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-13 13:30:49:
目前大多数分子对接软件都不是不考虑水的作用的，因此，在很多软件，比如AD,MVD等对接前都是要把水去掉的，但据我所知，GOLD是可以考虑水的作用的~其他对接软件没用过

万分感激！
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3楼2011-06-13 13:51:51
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-15 09:47:27
有些文献中提到的，参与相互作用的关键水分子可以保留。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2011-06-15 08:07:03
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lily_llf

新虫 (小有名气)
谢谢啊！看到一篇带水啊，好像挺麻烦的，还得学习一下，还请多多指教啊！
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5楼2011-06-15 08:42:21
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lily_llf

新虫 (小有名气)
御剑江湖: 好好学习，哈哈 2011-06-15 09:47:42
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-06-15 08:07:03:
有些文献中提到的，参与相互作用的关键水分子可以保留。

谢谢啊！看到一篇带水啊，好像挺麻烦的，还得学习一下，还请多多指教啊！
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6楼2011-06-15 08:42:52
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vivi1988

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-06-21 18:15:37
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-26 20:44:03
首先考虑结合模式中有无水的作用，有的话就不除去关键性水，如果想得出准确结合模式的话，最好做个动力学模拟
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天道酬勤
7楼2011-06-21 14:21:25
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by vivi1988 at 2011-06-21 14:21:25:
首先考虑结合模式中有无水的作用，有的话就不除去关键性水，如果想得出准确结合模式的话，最好做个动力学模拟

恩啊，谢谢！
我刚入门，还不太明白怎样做有水的对接，动力学模拟也要学习了
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8楼2011-06-21 15:55:32
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by vivi1988 at 2011-06-21 14:21:25:
首先考虑结合模式中有无水的作用，有的话就不除去关键性水，如果想得出准确结合模式的话，最好做个动力学模拟

再问个问题，你有没有用过MVD啊？还请多多指点啊！
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9楼2011-06-21 15:58:12
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vivi1988

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-06-21 15:58:12:
再问个问题，你有没有用过MVD啊？还请多多指点啊！

没有呢
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天道酬勤
10楼2011-06-22 08:48:43
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