应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接什么时候去水，什么时候不去水？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
161/2返回列表12下一页
查看: 4003  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 分子对接什么时候去水，什么时候不去水？

求教各位高手：

     在做分子对接时什么情况下要去水，什么情况下不去水？跟使用的软件有没有关系呢？

拜谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-06-13 09:13:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lily_llf(金币+2): 2011-06-13 13:50:33
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-06-21 18:15:20
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-06-13 09:13:02:
求教各位高手：

     在做分子对接时什么情况下要去水，什么情况下不去水？跟使用的软件有没有关系呢？

拜谢！

目前大多数分子对接软件都不是不考虑水的作用的，因此，在很多软件，比如AD,MVD等对接前都是要把水去掉的，但据我所知，GOLD是可以考虑水的作用的~其他对接软件没用过
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-06-13 13:30:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-13 13:30:49:
目前大多数分子对接软件都不是不考虑水的作用的，因此，在很多软件，比如AD,MVD等对接前都是要把水去掉的，但据我所知，GOLD是可以考虑水的作用的~其他对接软件没用过

万分感激！
回复此楼
3楼2011-06-13 13:51:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-15 09:47:27
有些文献中提到的，参与相互作用的关键水分子可以保留。
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2011-06-15 08:07:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)
谢谢啊！看到一篇带水啊，好像挺麻烦的，还得学习一下，还请多多指教啊！
赞一下 回复此楼
5楼2011-06-15 08:42:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)
御剑江湖: 好好学习，哈哈 2011-06-15 09:47:42
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-06-15 08:07:03:
有些文献中提到的，参与相互作用的关键水分子可以保留。

谢谢啊！看到一篇带水啊，好像挺麻烦的，还得学习一下，还请多多指教啊！
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-06-15 08:42:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vivi1988

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-06-21 18:15:37
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-26 20:44:03
首先考虑结合模式中有无水的作用，有的话就不除去关键性水，如果想得出准确结合模式的话，最好做个动力学模拟
赞一下(2人) 回复此楼
天道酬勤
7楼2011-06-21 14:21:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by vivi1988 at 2011-06-21 14:21:25:
首先考虑结合模式中有无水的作用，有的话就不除去关键性水，如果想得出准确结合模式的话，最好做个动力学模拟

恩啊，谢谢！
我刚入门，还不太明白怎样做有水的对接，动力学模拟也要学习了
赞一下 回复此楼
8楼2011-06-21 15:55:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by vivi1988 at 2011-06-21 14:21:25:
首先考虑结合模式中有无水的作用，有的话就不除去关键性水，如果想得出准确结合模式的话，最好做个动力学模拟

再问个问题，你有没有用过MVD啊？还请多多指点啊！
赞一下 回复此楼
9楼2011-06-21 15:58:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vivi1988

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-06-21 15:58:12:
再问个问题，你有没有用过MVD啊？还请多多指点啊！

没有呢
回复此楼
天道酬勤
10楼2011-06-22 08:48:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lily_llf 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 304求调剂（085602，过四级，一志愿985） +16 化工人999 2026-04-04 16/800 2026-04-06 22:55 by chenzhimin
[考研] 材料求调剂 +15 一样YWY 2026-04-05 15/750 2026-04-06 22:42 by chenzhimin
[考研] 一志愿吉大化学327求调剂 +6 王王白石 2026-04-06 7/350 2026-04-06 21:46 by dongzh2009
[考研] 生物学学硕求调剂：351分一志愿南京师范大学生物学专业 +6 …～、王…～ 2026-04-06 7/350 2026-04-06 18:54 by macy2011
[考研] 生物学求调剂 +5 15064154688 2026-04-03 5/250 2026-04-06 11:56 by lijunpoly
[考研] 考研调剂 +5 美丽的youth_ 2026-04-04 6/300 2026-04-06 06:57 by houyaoxu
[考研] 求调剂 +7 张.1 2026-04-05 7/350 2026-04-05 20:40 by 啵啵啵0119
[考研] 求调剂 +10 Hll胡 2026-04-04 10/500 2026-04-05 20:09 by nepu_uu
[考研] 278求调剂 +14 范婷娜 2026-04-04 15/750 2026-04-04 22:15 by lqwchd
[考研] 085400电子信息319求调剂（接受跨专业调剂） +5 星星不眨眼喽 2026-04-03 6/300 2026-04-04 21:50 by hemengdong
[论文投稿] 求文献 5+3 ys879651$ 2026-04-02 3/150 2026-04-04 17:22 by bobvan
[考研] 325求调剂 +4 春风不借意 2026-04-04 4/200 2026-04-04 14:46 by 湘农储能材料
[考研] 材料295 +13 小英11 2026-04-03 14/700 2026-04-04 09:02 by 来看流星雨10
[考研] 400分求调剂 +3 尴尬且挠头 2026-04-04 3/150 2026-04-04 08:41 by jp9609
[考研] 机械专硕297 +3 Afksy 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:24 by 1753564080
[考研] 289-求调剂 +4 这里是_ 2026-04-03 4/200 2026-04-03 14:23 by 1753564080
[考研] 调剂 +3 osbbx 2026-04-02 3/150 2026-04-03 07:47 by cc8418
[考研] 生物学327，求调剂 +5 书上的梅子 2026-04-01 6/300 2026-04-02 06:47 by ilovexiaobin
[考研] 085600 一志愿9 总分351 求调剂学校 +7 czhcz 2026-03-31 9/450 2026-04-01 19:24 by 无际的草原
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-03-31 11/550 2026-04-01 11:35 by wangjy2002
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭