24小时热门版块排行榜    

查看: 4257  |  回复: 15

lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 分子对接什么时候去水,什么时候不去水?

求教各位高手:

     在做分子对接时什么情况下要去水,什么情况下不去水?跟使用的软件有没有关系呢?

拜谢!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lily_llf(金币+2): 2011-06-13 13:50:33
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-06-21 18:15:20
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-06-13 09:13:02:
求教各位高手:

     在做分子对接时什么情况下要去水,什么情况下不去水?跟使用的软件有没有关系呢?

拜谢!

目前大多数分子对接软件都不是不考虑水的作用的,因此,在很多软件,比如AD,MVD等对接前都是要把水去掉的,但据我所知,GOLD是可以考虑水的作用的~其他对接软件没用过
2楼2011-06-13 13:30:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-13 13:30:49:
目前大多数分子对接软件都不是不考虑水的作用的,因此,在很多软件,比如AD,MVD等对接前都是要把水去掉的,但据我所知,GOLD是可以考虑水的作用的~其他对接软件没用过

万分感激!
3楼2011-06-13 13:51:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-15 09:47:27
有些文献中提到的,参与相互作用的关键水分子可以保留。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
4楼2011-06-15 08:07:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)

谢谢啊!看到一篇带水啊,好像挺麻烦的,还得学习一下,还请多多指教啊!
5楼2011-06-15 08:42:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)

御剑江湖: 好好学习,哈哈 2011-06-15 09:47:42
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-06-15 08:07:03:
有些文献中提到的,参与相互作用的关键水分子可以保留。

谢谢啊!看到一篇带水啊,好像挺麻烦的,还得学习一下,还请多多指教啊!
6楼2011-06-15 08:42:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vivi1988

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-06-21 18:15:37
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-26 20:44:03
首先考虑结合模式中有无水的作用,有的话就不除去关键性水,如果想得出准确结合模式的话,最好做个动力学模拟
天道酬勤
7楼2011-06-21 14:21:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by vivi1988 at 2011-06-21 14:21:25:
首先考虑结合模式中有无水的作用,有的话就不除去关键性水,如果想得出准确结合模式的话,最好做个动力学模拟

恩啊,谢谢!
我刚入门,还不太明白怎样做有水的对接,动力学模拟也要学习了
8楼2011-06-21 15:55:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily_llf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by vivi1988 at 2011-06-21 14:21:25:
首先考虑结合模式中有无水的作用,有的话就不除去关键性水,如果想得出准确结合模式的话,最好做个动力学模拟

再问个问题,你有没有用过MVD啊?还请多多指点啊!
9楼2011-06-21 15:58:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vivi1988

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-06-21 15:58:12:
再问个问题,你有没有用过MVD啊?还请多多指点啊!

没有呢
天道酬勤
10楼2011-06-22 08:48:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lily_llf 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[基金申请] filecode +13 documentary 2026-08-10 15/750 2026-08-12 15:56 by 云上清扬
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +4 majunge000 2026-08-10 4/200 2026-08-12 15:46 by 云上清扬
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 13/650 2026-08-11 09:49 by 家与远方
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
信息提示
请填处理意见