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lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 分子对接什么时候去水,什么时候不去水?

求教各位高手:

     在做分子对接时什么情况下要去水,什么情况下不去水?跟使用的软件有没有关系呢?

拜谢!
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vivi1988

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-06-21 18:15:37
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-26 20:44:03
首先考虑结合模式中有无水的作用,有的话就不除去关键性水,如果想得出准确结合模式的话,最好做个动力学模拟
天道酬勤
7楼2011-06-21 14:21:25
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查看全部 16 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lily_llf(金币+2): 2011-06-13 13:50:33
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-06-21 18:15:20
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-06-13 09:13:02:
求教各位高手:

     在做分子对接时什么情况下要去水,什么情况下不去水?跟使用的软件有没有关系呢?

拜谢!

目前大多数分子对接软件都不是不考虑水的作用的,因此,在很多软件,比如AD,MVD等对接前都是要把水去掉的,但据我所知,GOLD是可以考虑水的作用的~其他对接软件没用过
2楼2011-06-13 13:30:49
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lily_llf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-13 13:30:49:
目前大多数分子对接软件都不是不考虑水的作用的,因此,在很多软件,比如AD,MVD等对接前都是要把水去掉的,但据我所知,GOLD是可以考虑水的作用的~其他对接软件没用过

万分感激!
3楼2011-06-13 13:51:51
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-15 09:47:27
有些文献中提到的,参与相互作用的关键水分子可以保留。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
4楼2011-06-15 08:07:03
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