应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功
51/1返回列表
查看: 3566  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

胡成海

金虫 (小有名气)

[交流] sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功

小虫用sybyl-x1.2做受体与小分子间的对接，当用受体内提取出来的小分子的时候对接成功，但是当用自己画的小分子做对接的时候却总是显示对接失败，小分子格式mol2，而且对接前有加氢和能量最小化！不知道这是为何，请各位牛人多指点迷津！不甚感激呀！！

[ Last edited by 胡成海 on 2012-11-23 at 17:06 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-11-23 17:03:55
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
胡成海: 金币+1 2012-11-26 23:40:47
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:40
引用回帖:
7楼: Originally posted by 胡成海 at 2012-11-24 22:28:18
亲，画的结构肯定是合理的！因为我画的小分子就是原先配体-受体复合物中的配体！...

搭建结构之后有没有进行能量优化？有没有加氢加电荷？对接的盒子有没选对位置？还不行的话我不推荐sybyl对接，还不如autodock
赞一下 回复此楼
10楼2012-11-25 11:50:32
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

liaibo

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:15:22
建议使用gold。。。sybyl精度差了点
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-23 19:53:31
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ky96998

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
胡成海: 金币+1 2012-11-24 22:27:02
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-25 18:56:13
胡成海: 金币+1 2012-11-26 23:41:39
检查自己画的小分子的键类型和原子类型是否正确
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-24 11:33:20
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
胡成海: 金币+1 2012-11-24 22:28:29
很正常啊，你想象一个结构就能对接进去的吗？机器是神仙吗？再怎么着也得建立在合理的基础上。
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-24 17:08:38
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭