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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】DS分子对接为什么出现0pose
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xiaobao7365

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】DS分子对接为什么出现0pose 已有10人参与

看了别人说的0pose，有的人说口袋太大，有的人口袋太小，我都试过，而且都试了所有DS的对接模块，都是0pose，而且这个配体小分子是该蛋白晶体复合物的结构，，苦恼死了，请各位大侠指导下~~~
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1楼 2010-10-16 08:21:18
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yylazy

银虫 (小有名气)
★
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改变参数设置，Orientations to Refine  
Maximum Bad Orientations                800
Orientation vdW Energy Threshold     300
这两项参数往大了调！
希望对你有帮助
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11楼2012-08-07 09:00:10
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普通回帖

xiaobao7365

新虫 (初入文坛)
我试了两天两夜，都没睡觉。。。还是找不到问题。。。晕。。
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2楼2010-10-16 08:42:50
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xiaobao7365

新虫 (初入文坛)
没人回答，郁闷。。。
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3楼2010-10-16 17:42:13
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wdali

金虫 (正式写手)
★
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你用的是什么对接方式啊？
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统治这个世界的是想象力
4楼2010-10-20 09:34:49
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-13 22:16:20
是不是受体或者配基没处理好？没加力场？
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5楼2010-12-13 20:09:30
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manutdking

木虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-14 17:12:53
这个得看你用的是哪个对接模块，你这种情况可能是和活性口袋的入口狭窄有关，然后加上配体构象搜索得到的构象也不好，所以就没有合适的构象能够进入活性口袋，改变参数增加计算量试试吧。
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6楼2010-12-13 23:21:22
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chemozhang

木虫 (正式写手)
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故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 20:00:00
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chemozhang

木虫 (正式写手)
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故地如重游月圆更寂寞
8楼2011-09-05 20:00:03
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李晓溪

金虫 (小有名气)
★
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我做的也是小分子和蛋白的对接，是用CDOCKER做的，如果你的晶体里提到的活性位点残基较多就应该把球半径设大点，然后通过改变球心位置来确定活性区域。
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只有不敢想的，没有不敢做的
9楼2011-09-11 14:35:42
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yinxingxu

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我是初学者，还有问题亟待解决啊！！学习学习！
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10楼2012-07-04 16:31:00
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