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monsoncupid金虫 (小有名气)
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DS 2.5.0 操作问题
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| 我对接后准备做一个protein+ligand 的复合物的分子动力学模拟，但是有一个问题，两个分子总是不能complex在一起，直接用鼠标把最佳结果小分子拖进蛋白的链中，然后右键attribute发现小分子没有Avg.isotropic displayment，我一直怀疑是这个原因我的动力学跑不下去了，但是请别人帮忙试运行的话都成功了，他们用的是DS3.5，我要是分部运行动力学模拟的话总是到heating那步就失败了，绝望的卡在这一步了！求大神解惑呀- -！必有厚报~ |
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wangyan10
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| 首先要确定你的ligand+protein的复合物得到的构象是合理的，也就是说，这个必须是经过某些对接软件计算，得到的结果。在这个前提下得到的复合物结构，需要用视图软件对其结构的完整性进行确认。不清楚你做MD是用什么软件做的，heating这一步卡这算不下去了，个人感觉很有可能是你在对这个复合物体系的拓扑文件和坐标文件创建的时候，拓扑或者坐标文件不完整。建议你好好查看一下拓扑和坐标文件（如果有的话），确定其完整正确性，然后再进行动力学模拟。另，在DS中，如果想手动把一个小分子（ligand）与protein进行merged的话，需要在描述分子体系信息中的地方（分子3D窗口左列）把ligand手动拖放到protein中，这样在保存成复合物结构（如，pdb文件等）应该就是你说的“complex”一起的结构了。 |
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2楼2013-10-31 09:49:29
monsoncupid
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1、应该是合理的，我是用DS进行CDocker对接后得到的最佳结果。 2、我是用DS 2.5做的MD，坐标是有的，但是拓扑文件应该怎么查呢？ 3、我在手动拖进去了，merge不上，或者说虽然在一起了，但是没有那个Avg.isotropic displayment那个值啊，这不科学啊，除了拖动有没有更高端的方法啊？ 4、我本身对heating那一步做了好多调整，排除了加热过快minimization不充分的情况，应该就是input 文件本身的问题 5、我给你截下我的ligand attribute的图，请您务必帮我看下，拜托了  这是PDB数据库中complex的文件ligand的attributes.png  这是别人帮忙用3.5做的时候ligand多出来这么一个值.png  这是我手动拖进去的ligand attributes.png |
3楼2013-10-31 12:08:52
wangyan10
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| 首先明确一点，如果你手头没有更好的做MD的选择的话，那也就只能用DS的MD模块就行模拟了。你这个是DS2.5的版本，这个版本和后续版本相比（3.5和4.0）MD部分还是很粗糙的。我所说的坐标和拓扑文件，是一些专业动力学软件进行模拟时所必须的（如ABMER, GROMACS, NAMD等）。建议你用GROMACS进行一下动力学模拟，那个还是比较容易上手的。因为没用过DS2.5进行过动力学模拟，所以你说描述的问题我还是不清楚问题出在哪。相对来说，DS在做其他方面，比如药效团，比如定量活性结构关系等，还是很专业的，用2.5版本来做动力学，一则是速度不怎么快，二则是出错了不好分析。在提供图形界面简化操作的同时，以此为牺牲代价的是，MD出错之后不容易找出错误原因。弄台linux机器，装个GROMACS进行MD模拟吧，速度比这个快很多，而且还是免费的。 |
4楼2013-10-31 13:49:08
monsoncupid
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5楼2013-10-31 19:13:38
