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张学升

银虫 (小有名气)

[求助] DS2.5问题求助

使用DS2.5进行分子对接时,如何评价libdock,ligandfit以及CDOCKER对接结果的好坏?
使用libdock进行分子对接时,如何在对接结果中看RMSD值?
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天道酬勤
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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张学升: 金币+10 2013-10-11 19:25:26
不同软件对接下来 评价好坏的话 最好是有晶体结构去比较 然后给结论  当然也可以用一个打分函数统一去打分 不过这个打分方法的选择就很重要了
RMSD是指对接结果之间还是什么的? 可以通过ds计算 但是直接查看应该是没有的吧 好像没有直接的意义 因为RMSD比较的是分子构型的变化 而不包含分子空间位移和旋转 这些在计算开始时都坏消除掉

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2楼2013-10-11 10:03:16
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张学升

银虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-11 10:03:16
不同软件对接下来 评价好坏的话 最好是有晶体结构去比较 然后给结论  当然也可以用一个打分函数统一去打分 不过这个打分方法的选择就很重要了
RMSD是指对接结果之间还是什么的? 可以通过ds计算 但是直接查看应该是 ...

谢谢你的回复,能不能告诉我用晶体结构如何进行比较,我一点都不懂呀。我有一份报告是之前公司做的,你可以帮我看看他们是怎么做出来的吗?
天道酬勤
3楼2013-10-11 19:16:26
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rantingjing

铜虫 (小有名气)

align protein-ligand crystal complex and protein-ligand docking complex, then calculate RMSD. it will be better that RMSD between crystal conformation and docking comformation is < 1.0. The docking comformation whose RMSD is closest to the crystal conformation suggest the sigficance of the docking method.
ll
4楼2013-10-13 08:56:59
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yaozhq

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 张学升 at 2013-10-11 19:16:26
谢谢你的回复,能不能告诉我用晶体结构如何进行比较,我一点都不懂呀。我有一份报告是之前公司做的,你可以帮我看看他们是怎么做出来的吗?...

就是找一个蛋白和小分子的结晶复合物结构 拿来用软件重新去docking一下 看看算出来的和原来晶体的哪个最接近 这个时候可以评估一下小分子的RMSD
5楼2013-10-22 09:54:07
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