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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】DS里药效团验证分析
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木子米米

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】DS里药效团验证分析 已有3人参与

用DS创建药效团，结果如下：
Hypothesis 1 ：HBA HBD RING AROMATIC   totalcost=120.272 RMS=1.25965 correl=0.924155
Hypothesis 2 ：HBA HBD HYDROPHOBIC      totalcost=120.5 RMS=1.17966 correl=0.940443
Hypothesis 3 ：HBA HBD RING AROMATIC   totalcost=121.523 RMS=1.24763 correl=0.929403
Hypothesis 4 ： HBA HBD HYDROPHOBIC     totalcost=123.094 RMS=1.40651 correl=0.898541
Hypothesis 5 ：HBA HBD HYDROPHOBIC RING AROMATIC   totalcost=130.502 RMS=1.68364 correl=0.84254
Hypothesis 6 ：HBA HBD HYDROPHOBIC RING AROMATIC   totalcost=131.416 RMS=1.8292 correl=0.802104
Hypothesis 7 ：HBA HBD RING AROMATIC    totalcost=132.056 RMS=1.6421 correl=0.858203
Hypothesis 8 ： HBA HBD RING AROMATIC   totalcost=132.355 RMS=1.70603 correl=0.839933
Hypothesis 9 ：HBA HBD HYDROPHOBIC RING AROMATIC    totalcost=133.348 RMS=1.80648 correl=0.811487
Hypothesis 10 ：HBA HBD HYDROPHOBIC RING AROMATIC  totalcost=136.139 RMS=1.92431 correl=0.778733
NULL Hypothesis ：totalcost=184.73 RMS=3.05552 correl=0
Fixed Cost: totalcost=91.5697 RMS=0 correl=0  Config=13.0818

其中Hypo 1的cost 与NULL cost差值>60,correl>0.9，config<17,那么这个模型可以称为合理吗？用Hypo 1对测试集预测活性，其中相关系数为r=0.76,那么这个预测是系数值可以吗？再问一下，在DS里怎么做Fischer’s randomization验证呢？看到一篇文献有做Fischer’s randomization验证，但是具体该怎么操作呢？

谢谢各位大虾，不甚感激！！
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cwj420315

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1楼 2010-07-04 17:02:56
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Tavel

铜虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-06 16:54:23
木子米米(金币+10): 2010-07-08 15:17:46
在参数里有一项Cross Validation 选中你想要的级别就可以了，那个就是Fischer Validation
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2楼2010-07-06 16:29:13
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木子米米

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by Tavel at 2010-07-06 16:29:13:
在参数里有一项Cross Validation 选中你想要的级别就可以了，那个就是Fischer Validation

那产生随机spread sheets，这个文件是要自己在哪里创建呢？DS是要输入这个文件，但是是用什么格式，怎么创建呢？谢谢你啊~
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3楼2010-07-06 19:35:40
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Tavel

铜虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-07 10:23:38
spread sheets是高级参数里的选项，CrossValidation结果是一个Excel文件
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4楼2010-07-06 20:49:32
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木子米米

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by Tavel at 2010-07-06 20:49:32:
spread sheets是高级参数里的选项，CrossValidation结果是一个Excel文件

我刚刚试了一下，只是把置信区间设为95%，然后其它的跟以前一样，再运行3D QSAR Pharmacophore，在report里有cost.csv打开是表格，里面是cost值，那么意思就是说spread sheets都默认就可以了？
然后下面会有
Confidence Level - 95%  
Significance for hypothesis 1 is 90%  
Significance for hypothesis 2 is 90%  
Significance for hypothesis 3 is 90%  
这个Significance for hypothesis 1 is 90%表示的是什么意思呢？

谢谢！
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5楼2010-07-06 22:06:31
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cwj420315

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
6楼2015-08-20 14:57:36
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cwj420315

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
置信区间在那里？
而且我这里做出来也没有表格，全部都是数字，每个都得挨个找，好麻烦！
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7楼2015-08-20 15:02:02
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