| 查看: 3491 | 回复: 15 | ||
[求助]
初学者求助-分子对接 问题
|
||
|
最近想学习DS中的Flexible Docking，可是定义蛋白时就出现问题了，请教各位大侠了! 我从PDB数据库中下载下来蛋白的复合物，将其中的水分子和配体都删除了，也对其进行了加氢处理，在定义蛋白为受体的时候出现“The selected molecule contains alternate conformation. You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor.”可是我不知道从哪可以删除构象啊。 麻烦大家帮我看看啊，附件里是我DS中的蛋白。  12.png |
回复此楼» 猜你喜欢
博士读完未来一定会好吗
已经有21人回复
-
导师想让我从独立一作变成了共一第一
已经有5人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有11人回复
-
读博
已经有4人回复
-
JMPT 期刊投稿流程
已经有4人回复
-
心脉受损
已经有5人回复
-
Springer期刊投稿求助
已经有4人回复
-
小论文投稿
已经有3人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有9人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
怎么用MOE做分子对接
已经有4人回复- 询问关于分子动力学模拟的教材？
已经有6人回复
- 对接的分子用于分子动力学模拟的问题
已经有12人回复
- 小分子很少怎么做虚拟筛选啊！！
已经有7人回复
- Surflex-Dock问题
已经有8人回复
- DS分子对接总是出现0 pose
已经有9人回复
- sybyl 对接问题
已经有15人回复
- 新手求助！~~~如何使用DS模拟蛋白-蛋白接合？
已经有8人回复
- 作为一个初学者，lz表示完全hold不住cp2k。。。求助方法、资料~~
已经有18人回复
- 【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？
已经有7人回复
- 【求助】DS分子对接为什么出现0pose
已经有14人回复
- 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
已经有35人回复
- 【求助】初学MS遇到下面这个问题怎么解决
已经有18人回复
- 【求助】如何将sdf文件转换成mol2文件
已经有25人回复
monsoncupid
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1629.9
- 红花: 3
- 帖子: 105
- 在线: 47.9小时
- 虫号: 2637881
- 注册: 2013-09-05
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2013-10-25 19:11:03
monsoncupid
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1629.9
- 红花: 3
- 帖子: 105
- 在线: 47.9小时
- 虫号: 2637881
- 注册: 2013-09-05
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2013-10-25 20:16:02
【答案】应助回帖
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢应助。 2013-10-29 14:30:31
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢应助。 2013-10-29 14:30:31
|
DS中文教程下载链接： [资源] Discovery Studio同源模建、分子动力学、分子对接和药效团教程 http://bioms.org/thread-198-1-1.html |
6楼2013-10-28 09:25:34
4楼2013-10-25 20:47:51
monsoncupid
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1629.9
- 红花: 3
- 帖子: 105
- 在线: 47.9小时
- 虫号: 2637881
- 注册: 2013-09-05
- 专业: 生物大分子结构与功能
5楼2013-10-27 12:32:05
7楼2013-10-28 13:56:13
|
你好，我在定义蛋白分子为受体时，有时会出现“The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.”的问题，我从Structure→Monitor→valence强调这些原子后怎么做呢？准备蛋白，是不是对其进行在edit→preference→protein ultilities在里面把能够选的都勾上然后clean protein ，再解决“The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.”这个问题，直接定义蛋白分子为受体就可以了？ |
8楼2013-10-28 14:18:23
monsoncupid
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1629.9
- 红花: 3
- 帖子: 105
- 在线: 47.9小时
- 虫号: 2637881
- 注册: 2013-09-05
- 专业: 生物大分子结构与功能
9楼2013-10-29 15:26:51
10楼2013-10-31 14:48:20