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初学者求助-分子对接 问题
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最近想学习DS中的Flexible Docking，可是定义蛋白时就出现问题了，请教各位大侠了! 我从PDB数据库中下载下来蛋白的复合物，将其中的水分子和配体都删除了，也对其进行了加氢处理，在定义蛋白为受体的时候出现“The selected molecule contains alternate conformation. You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor.”可是我不知道从哪可以删除构象啊。 麻烦大家帮我看看啊，附件里是我DS中的蛋白。  12.png |
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2楼2013-10-25 19:11:03
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DS中文教程下载链接： [资源] Discovery Studio同源模建、分子动力学、分子对接和药效团教程 http://bioms.org/thread-198-1-1.html |
6楼2013-10-28 09:25:34
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5楼2013-10-27 12:32:05
7楼2013-10-28 13:56:13
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你好，我在定义蛋白分子为受体时，有时会出现“The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.”的问题，我从Structure→Monitor→valence强调这些原子后怎么做呢？准备蛋白，是不是对其进行在edit→preference→protein ultilities在里面把能够选的都勾上然后clean protein ，再解决“The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.”这个问题，直接定义蛋白分子为受体就可以了？ |
8楼2013-10-28 14:18:23
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