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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 初学者求助-分子对接 问题
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珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 初学者求助-分子对接 问题

最近想学习DS中的Flexible Docking，可是定义蛋白时就出现问题了，请教各位大侠了!
      我从PDB数据库中下载下来蛋白的复合物，将其中的水分子和配体都删除了，也对其进行了加氢处理，在定义蛋白为受体的时候出现“The selected molecule contains alternate conformation. You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor.”可是我不知道从哪可以删除构象啊。
     麻烦大家帮我看看啊，附件里是我DS中的蛋白。
初学者求助-分子对接 问题
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1楼 2013-10-25 16:01:52
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-29 14:29:48
这个好办，只要clean protein就行了，需要注意的是clean protein 的参数需要设置，在edit→preference→protein ultilities→clean protein 在里面把能够选的都勾上，其中有一项名字叫correct problems→alternate conformation，只要把它选上你这个问题就解决了
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
2楼2013-10-25 19:11:03
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-29 14:30:02
珍维永久: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-11-04 21:20:25
这个是截图，设置好之后再clean protein就行了
初学者求助-分子对接 问题-1
a3.png
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
3楼2013-10-25 20:16:02
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢应助。 2013-10-29 14:30:31
DS中文教程下载链接：
[资源] Discovery Studio同源模建、分子动力学、分子对接和药效团教程
http://bioms.org/thread-198-1-1.html
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6楼2013-10-28 09:25:34
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普通回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-25 20:16:02
这个是截图，设置好之后再clean protein就行了

a3.png

O(∩_∩)O谢谢，能不能给我介绍一下做分子对接的一般步骤呢，最好能详细点，我自己找的资料感觉缺少好多步骤呢，谢谢了。
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4楼2013-10-25 20:47:51
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-10-29 14:30:13
对接=准备蛋白+准备配体+对接参数设置+运行就可以啦
详细的话就很麻烦啦而且感觉我没有资格写教程啦- -！~ 你可以在网上搜搜，如果哪里遇到问题的话可以讨论一下共同进步
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
5楼2013-10-27 12:32:05
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-28 09:25:34
DS中文教程下载链接：
Discovery Studio同源模建、分子动力学、分子对接和药效团教程
http://bioms.org/thread-198-1-1.html

O(∩_∩)O谢谢，以后还请多多指教
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7楼2013-10-28 13:56:13
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-28 09:25:34
DS中文教程下载链接：
Discovery Studio同源模建、分子动力学、分子对接和药效团教程
http://bioms.org/thread-198-1-1.html

你好，我在定义蛋白分子为受体时，有时会出现“The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.”的问题，我从Structure→Monitor→valence强调这些原子后怎么做呢？准备蛋白，是不是对其进行在edit→preference→protein ultilities在里面把能够选的都勾上然后clean protein ，再解决“The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.”这个问题，直接定义蛋白分子为受体就可以了？
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8楼2013-10-28 14:18:23
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-30 18:56:03
引用回帖:
8楼: Originally posted by 珍维永久 at 2013-10-28 14:18:23
你好，我在定义蛋白分子为受体时，有时会出现“The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.”的问题，我从Structure→Monitor→valence强调这些原子后怎么做呢？准备 ...

这个就是你的受体分子中有未完成的共价键，monitor的用意是告诉你那个缺键的原子在哪里，一般情况来讲可能是ligands未加氢，手动加上去就行了，一般不用管它也可以
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
9楼2013-10-29 15:26:51
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-29 15:26:51
这个就是你的受体分子中有未完成的共价键，monitor的用意是告诉你那个缺键的原子在哪里，一般情况来讲可能是ligands未加氢，手动加上去就行了，一般不用管它也可以...

不是ligands未加氢，如果我不处理这一步，我在定义蛋白的时候就会弹出该警示框，那我直接定义sphere不用管这个就可以是吗？
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10楼2013-10-31 14:48:20
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