24小时热门版块排行榜    

查看: 2230  |  回复: 9

天湖酒

新虫 (初入文坛)

[求助] DS分子对接总是出现0 pose

我的受体是同源模拟的出来的,配体是在ncbi上下载的,但是是2D的sdf格式,我用chem3D能打开,然后换了mol格式,并且用chem3D的MM2做了能量最低化,然后用DS的libdock做对接,对接位点就是选的文献里报导的点,怎么都是出现的0 pose呢,我是哪里出错了,是配体的问题,还是对接的问题??
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shadow004

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
天湖酒: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-09-11 10:31:51
本帖内容被屏蔽

2楼2013-09-10 10:24:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天湖酒

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shadow004 at 2013-09-10 10:24:49
DS对接配体和受体都要用上charMm力场,和momany电荷。配体用DS minimize,省得格式上出什么问题。

我配体打开了,为什么minimize的input还是显示错误啊

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2013-09-10 17:39:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天湖酒

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 天湖酒 at 2013-09-10 17:39:30
我配体打开了,为什么minimize的input还是显示错误啊
...

原来加了力场minimization的input就能选择了,但是为什么我libdock还是0pose

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2013-09-11 10:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shadow004

禁虫 (小有名气)

★ ★
天湖酒: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-11-14 10:25:56
本帖内容被屏蔽

5楼2013-09-11 11:18:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天湖酒

新虫 (初入文坛)

我出现0pose,然后我看了report里面failed ligands,我看那个失败的ligand图,它的构象不是我放进去的那个优化配体构象图了,怎么回事的?
6楼2013-09-11 11:40:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天湖酒

新虫 (初入文坛)

用的cdocker终于对接上去了,只是只出现一个pose,我还有一个问题想问,我看下载下来的另一个酶3d的pdb文件里有水,而且与酶分子和配体有氢键的作用,这个在我的同源模拟图中要怎么处理呢
7楼2013-09-11 12:25:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thanking1669

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

楼主和我约到的问题应该是一样的,我的也是先用libdock,结果0pose;换成cdock,就ok了

docking的时候应该是去掉水分子的吧;你看到的pdb文件,很可能是MD得到的,或者是结晶X-ray解析重构的,那样才有可能含有水分子。你要想得到含水的结构应该需要再做一个MD优化结构,里面第一步就需要补水。

偶也是初学者,以上只是个人见解
8楼2013-10-22 22:27:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shadow004

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

9楼2013-11-16 18:50:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shadow004

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

10楼2013-11-16 18:52:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 天湖酒 的主题更新
信息提示
请填处理意见