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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS分子对接总是出现0 pose
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天湖酒

新虫 (初入文坛)

[求助] DS分子对接总是出现0 pose

我的受体是同源模拟的出来的，配体是在ncbi上下载的，但是是2D的sdf格式，我用chem3D能打开，然后换了mol格式，并且用chem3D的MM2做了能量最低化，然后用DS的libdock做对接，对接位点就是选的文献里报导的点，怎么都是出现的0 pose呢，我是哪里出错了，是配体的问题，还是对接的问题？？
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1楼 2013-09-09 15:46:07
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shadow004

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
天湖酒: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-09-11 10:31:51
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2楼2013-09-10 10:24:49
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天湖酒

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shadow004 at 2013-09-10 10:24:49
DS对接配体和受体都要用上charMm力场，和momany电荷。配体用DS minimize，省得格式上出什么问题。

我配体打开了，为什么minimize的input还是显示错误啊

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3楼2013-09-10 17:39:30
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天湖酒

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 天湖酒 at 2013-09-10 17:39:30
我配体打开了，为什么minimize的input还是显示错误啊
...

原来加了力场minimization的input就能选择了，但是为什么我libdock还是0pose

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2013-09-11 10:39:15
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shadow004

禁虫 (小有名气)
★ ★
天湖酒: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-11-14 10:25:56
本帖内容被屏蔽
5楼2013-09-11 11:18:07
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天湖酒

新虫 (初入文坛)
我出现0pose，然后我看了report里面failed ligands，我看那个失败的ligand图，它的构象不是我放进去的那个优化配体构象图了，怎么回事的？
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6楼2013-09-11 11:40:35
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天湖酒

新虫 (初入文坛)
用的cdocker终于对接上去了，只是只出现一个pose，我还有一个问题想问，我看下载下来的另一个酶3d的pdb文件里有水，而且与酶分子和配体有氢键的作用，这个在我的同源模拟图中要怎么处理呢
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7楼2013-09-11 12:25:03
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thanking1669

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

楼主和我约到的问题应该是一样的，我的也是先用libdock，结果0pose；换成cdock，就ok了

docking的时候应该是去掉水分子的吧；你看到的pdb文件，很可能是MD得到的，或者是结晶X-ray解析重构的，那样才有可能含有水分子。你要想得到含水的结构应该需要再做一个MD优化结构，里面第一步就需要补水。

偶也是初学者，以上只是个人见解
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8楼2013-10-22 22:27:19
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shadow004

禁虫 (小有名气)
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9楼2013-11-16 18:50:01
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shadow004

禁虫 (小有名气)
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10楼2013-11-16 18:52:02
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