应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS分子对接总是出现0 pose
101/1返回列表
查看: 2528  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

天湖酒

新虫 (初入文坛)

[求助] DS分子对接总是出现0 pose

我的受体是同源模拟的出来的，配体是在ncbi上下载的，但是是2D的sdf格式，我用chem3D能打开，然后换了mol格式，并且用chem3D的MM2做了能量最低化，然后用DS的libdock做对接，对接位点就是选的文献里报导的点，怎么都是出现的0 pose呢，我是哪里出错了，是配体的问题，还是对接的问题？？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

DS软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-09-09 15:46:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shadow004

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
天湖酒: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-09-11 10:31:51
本帖内容被屏蔽
2楼2013-09-10 10:24:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天湖酒

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shadow004 at 2013-09-10 10:24:49
DS对接配体和受体都要用上charMm力场，和momany电荷。配体用DS minimize，省得格式上出什么问题。

我配体打开了，为什么minimize的input还是显示错误啊

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2013-09-10 17:39:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天湖酒

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 天湖酒 at 2013-09-10 17:39:30
我配体打开了，为什么minimize的input还是显示错误啊
...

原来加了力场minimization的input就能选择了，但是为什么我libdock还是0pose

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2013-09-11 10:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shadow004

禁虫 (小有名气)
★ ★
天湖酒: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-11-14 10:25:56
本帖内容被屏蔽
5楼2013-09-11 11:18:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天湖酒

新虫 (初入文坛)
我出现0pose，然后我看了report里面failed ligands，我看那个失败的ligand图，它的构象不是我放进去的那个优化配体构象图了，怎么回事的？
赞一下 回复此楼
6楼2013-09-11 11:40:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天湖酒

新虫 (初入文坛)
用的cdocker终于对接上去了，只是只出现一个pose，我还有一个问题想问，我看下载下来的另一个酶3d的pdb文件里有水，而且与酶分子和配体有氢键的作用，这个在我的同源模拟图中要怎么处理呢
赞一下 回复此楼
7楼2013-09-11 12:25:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thanking1669

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

楼主和我约到的问题应该是一样的，我的也是先用libdock，结果0pose；换成cdock，就ok了

docking的时候应该是去掉水分子的吧；你看到的pdb文件，很可能是MD得到的，或者是结晶X-ray解析重构的，那样才有可能含有水分子。你要想得到含水的结构应该需要再做一个MD优化结构，里面第一步就需要补水。

偶也是初学者，以上只是个人见解
赞一下 回复此楼
8楼2013-10-22 22:27:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shadow004

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2013-11-16 18:50:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shadow004

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
10楼2013-11-16 18:52:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 天湖酒 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 19:18 by q1p9ixelzp
[教师之家] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 18:58 by q1p9ixelzp
[公派出国] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 18:00 by q1p9ixelzp
[考研] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 4/200 2026-06-21 17:45 by q1p9ixelzp
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 17:40 by q1p9ixelzp
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 17:37 by q1p9ixelzp
[公派出国] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 4/200 2026-06-21 17:25 by ky8v3skvft
[考博] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 5/250 2026-06-21 17:20 by ky8v3skvft
[博后之家] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 6/300 2026-06-21 17:05 by ky8v3skvft
[教师之家] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +5 vlfdw50o0u 2026-06-20 7/350 2026-06-21 16:57 by ky8v3skvft
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 vlfdw50o0u 2026-06-20 5/250 2026-06-21 16:45 by ky8v3skvft
[教师之家] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 7/350 2026-06-21 16:40 by ky8v3skvft
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 9/450 2026-06-21 16:37 by ky8v3skvft
[基金申请] E0414, 我的本子有没有希望？ +7 布布和一二 2026-06-17 8/400 2026-06-21 15:44 by lwliwei1989
[基金申请] 青A35岁以下通知答辩了吗 +3 暨阳一只柴 2026-06-17 3/150 2026-06-21 09:39 by kudofaye
[考博] 【全奖博士/科研助理/博后招生】新加坡南洋理工大学机械与航空航天学院 +3 robohaha 2026-06-15 4/200 2026-06-21 00:36 by lanbing1
[硕博家园] 一篇论文同时出现在两个期刊，一模一样，这算不算学术不端，请各位老师斧正。 +11 mahl005 2026-06-14 12/600 2026-06-18 17:01 by 770904134
[基金申请] 希望面上有个好结果 +7 碧水00 2026-06-16 7/350 2026-06-18 12:18 by wuke100666
[论文投稿] 三区计算机方向期刊推荐 +5 1457340941 2026-06-15 5/250 2026-06-17 13:16 by 会议编辑
[论文投稿] sci论文二审求助 +5 潘倍倍 2026-06-15 5/250 2026-06-16 10:15 by xs74101122
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭