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天湖酒

新虫 (初入文坛)

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[求助] DS分子对接总是出现0 pose

我的受体是同源模拟的出来的，配体是在ncbi上下载的，但是是2D的sdf格式，我用chem3D能打开，然后换了mol格式，并且用chem3D的MM2做了能量最低化，然后用DS的libdock做对接，对接位点就是选的文献里报导的点，怎么都是出现的0 pose呢，我是哪里出错了，是配体的问题，还是对接的问题？？

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1楼 2013-09-09 15:46:07

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thanking1669

木虫 (职业作家)

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专业: 药物学其他科学问题

【答案】应助回帖

楼主和我约到的问题应该是一样的，我的也是先用libdock，结果0pose；换成cdock，就ok了

docking的时候应该是去掉水分子的吧；你看到的pdb文件，很可能是MD得到的，或者是结晶X-ray解析重构的，那样才有可能含有水分子。你要想得到含水的结构应该需要再做一个MD优化结构，里面第一步就需要补水。

偶也是初学者，以上只是个人见解