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天湖酒

新虫 (初入文坛)

[求助] DS分子对接总是出现0 pose

我的受体是同源模拟的出来的,配体是在ncbi上下载的,但是是2D的sdf格式,我用chem3D能打开,然后换了mol格式,并且用chem3D的MM2做了能量最低化,然后用DS的libdock做对接,对接位点就是选的文献里报导的点,怎么都是出现的0 pose呢,我是哪里出错了,是配体的问题,还是对接的问题??
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天湖酒

新虫 (初入文坛)

我出现0pose,然后我看了report里面failed ligands,我看那个失败的ligand图,它的构象不是我放进去的那个优化配体构象图了,怎么回事的?
6楼2013-09-11 11:40:35
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shadow004

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
天湖酒: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-09-11 10:31:51
本帖内容被屏蔽

2楼2013-09-10 10:24:49
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天湖酒

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shadow004 at 2013-09-10 10:24:49
DS对接配体和受体都要用上charMm力场,和momany电荷。配体用DS minimize,省得格式上出什么问题。

我配体打开了,为什么minimize的input还是显示错误啊

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2013-09-10 17:39:30
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天湖酒

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 天湖酒 at 2013-09-10 17:39:30
我配体打开了,为什么minimize的input还是显示错误啊
...

原来加了力场minimization的input就能选择了,但是为什么我libdock还是0pose

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2013-09-11 10:39:15
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