24小时热门版块排行榜    

查看: 2980  |  回复: 3

sunmuer

木虫 (小有名气)

[求助] DS 做分子对接

用DS做蛋白质和抑制剂的对接 抑制剂一般都是小分子 在做对接前需要对这两种物质怎么处理呢
用不用能量优化一下呢
在网上下载的pdb格式的蛋白质一般都是复合物 怎么才能把其中的小分子除掉呢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

出清水而不染
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-24 16:25:43
sunmuer(金币+2): 2012-02-25 19:31:48


用DS,直接在图中“复制、粘贴”的地方,
剪切、删除小分子->存盘,得蛋白质
剪切、删除蛋白质->存盘,得小分子
2楼2012-02-24 16:05:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
sunmuer(金币+1): 2012-02-25 19:31:55
也可以把PDB 文件导入VMD

mol load pdb XX.pdb
set sel [atomselect top "XXXXX"]   
$sel writepdb newXX.pdb

XX 是你所下载的pdb的文件名
XXXXX 是你所需要保持的蛋白质部分
3楼2012-02-24 16:29:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyb181117

捐助贵宾 (小有名气)

jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-24 20:47:26
用pyMOL打开PDB文件后,选中小分子,然后extract objiect,将剩余的pdb文件重新保存就可以了
4楼2012-02-24 19:24:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sunmuer 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 271材料工程求调剂 +5 .6lL 2026-03-18 5/250 2026-03-19 03:07 by 无懈可击111
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业(081702)315分求调剂 +10 yangfz 2026-03-17 10/500 2026-03-18 20:14 by walc
[考研] 295求调剂 +3 一志愿京区211 2026-03-18 5/250 2026-03-18 17:03 by zhaoqian0518
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +5 梨花珞晚风 2026-03-17 5/250 2026-03-18 14:49 by haxia
[考研] 085601专硕,总分342求调剂,地区不限 +5 share_joy 2026-03-16 5/250 2026-03-18 14:48 by haxia
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-13 6/300 2026-03-18 14:14 by 脱颖而出
[考博] 环境领域全国重点实验室招收博士1-2名 +3 QGZDSYS 2026-03-13 5/250 2026-03-18 11:13 by QGZDSYS
[考研] 268求调剂 +6 简单点0 2026-03-17 6/300 2026-03-18 09:04 by 无际的草原
[考研] 296求调剂 +5 大口吃饭 身体健 2026-03-13 5/250 2026-03-17 21:05 by 不惑可乐
[考研] 考研化学学硕调剂,一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 材料与化工求调剂一志愿 985 总分 295 +8 dream…… 2026-03-12 8/400 2026-03-13 22:17 by 星空星月
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 0703化学求调剂 +7 绿豆芹菜汤 2026-03-12 7/350 2026-03-13 17:25 by njzyff
[考研] 085600材料与化工 309分请求调剂 +7 dtdxzxx 2026-03-12 8/400 2026-03-13 14:43 by jxchenghu
信息提示
请填处理意见