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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 蛋白质-蛋白质对接
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yuguangyun

新虫 (小有名气)

[求助] 蛋白质-蛋白质对接

各位大侠好，小弟现在做蛋白和受体对接。受体是toll5受体，蛋白质是一植物凝集素。我在对接前先要找出toll5受体的结合位点，请问如何寻找，用ds里面的define binding site 可靠吗，你们是如何做蛋白蛋白对接的。说说操作过程吧》急需啊…………
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学好专业知识
1楼 2012-04-25 14:00:24
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yuguangyun

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 苹果变菠萝 at 2012-04-28 11:42:29:
我的ZDOCK结果跑动力学效果也不好。。。LZ解决了问题，求回复

我先从ＰＵＢＭＥＤ数据库中查找的它的活性位点，在对接的时候，ＤＳ模块里面有ｒｅｃｅｐｔｏｒ　ｂｉｎｄｉｎｇ　ｓｉｔｅ　可以初步定义结合位点。然后执行结合命令。我是这么做的，还没跑啊动力学不知道结果如何
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学好专业知识
7楼2012-04-28 21:03:25
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yuguangyun

新虫 (小有名气)
自己顶一下
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学好专业知识
2楼2012-04-25 19:15:32
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-26 10:03:50
蛋白蛋白对接应该用zdock，建议你从网上直接找相关的教程照着做
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3楼2012-04-26 08:07:55
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yuguangyun

新虫 (小有名气)
谢谢，我是按照ds教程做的。但是教程的作法里面，对节前没有涉及到活性位点的事情，而且我拿对接后的其中一个ＰＯＳＥ跑了动力学，跑到第一步就出错了……不知道什么原因
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学好专业知识
4楼2012-04-26 13:37:40
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