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新虫 (初入文坛)

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[求助] 请问如何获取小分子的pdb文件已有5人参与

本人刚用DS，学生物的，想做蛋白和小分子的对接，小分子也就是常见的氨基酸、糖类等，不是药物之类的。
看了zinc，主要是商业化合物，而且貌似由2D转换成3D的坐标文件需要收费。不知道用cambrige office之类的软件画出来，再转化成的PDB的文件能否在DS中用？
基于我用的就是常见化合物，如氨基酸等，各位有没有数据库推荐，我可以直接在里面下到配体的pdb或其他格式的DS可用的文件呢？
多谢多谢！

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1楼 2013-09-22 23:13:48

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笑盲虫

木虫 (著名写手)

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月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-10-30 18:53:40

用chemioffice的chemdraw先画出来，然后用3D的转一下就可以了，没有问题的

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用文字走路，用行动分析

2楼2013-09-23 06:43:00

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jiaoyixiong

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氨基酸也就那么几种吧，你找个蛋白质分子的PDB 文件，从中选取不就可以了嘛？
用VMD 很容易选择的

比如从库里下载一个 SP-C 蛋白，从中选取一个残基为 LEU 的，则

set sel [atomselect top "resname LEU and resid 1"]
$sel writepdb leu.pdb

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3楼2013-09-23 08:47:18

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