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hzdtctc

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问如何获取小分子的pdb文件 已有5人参与

本人刚用DS,学生物的,想做蛋白和小分子的对接,小分子也就是常见的氨基酸、糖类等,不是药物之类的。
看了zinc,主要是商业化合物,而且貌似由2D转换成3D的坐标文件需要收费。不知道用cambrige office之类的软件画出来,再转化成的PDB的文件能否在DS中用?
基于我用的就是常见化合物,如氨基酸等,各位有没有数据库推荐,我可以直接在里面下到配体的pdb或其他格式的DS可用的文件呢?
多谢多谢!
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笑盲虫

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-10-30 18:53:40
用chemioffice的chemdraw先画出来,然后用3D的转一下就可以了,没有问题的
用文字走路,用行动分析
2楼2013-09-23 06:43:00
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普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-30 18:53:48
氨基酸 也就那么几种吧,你找个蛋白质分子的PDB 文件,从中选取不就可以了嘛?
用VMD 很容易选择的

比如从库里下载一个 SP-C 蛋白,从中选取一个残基为 LEU 的,则

set  sel [atomselect top "resname LEU and resid 1"]
$sel writepdb leu.pdb
3楼2013-09-23 08:47:18
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hzdtctc

新虫 (初入文坛)

内容已删除
4楼2013-09-23 12:18:05
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iovvoi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-10-30 18:54:02
小分子不保存成PDB格式  PDB格式是蛋白质的格式
5楼2013-09-23 16:18:07
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hzdtctc

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by iovvoi at 2013-09-23 16:18:07
小分子不保存成PDB格式  PDB格式是蛋白质的格式

PDB包含是原子坐标信息,小分子蛋白都没有问题
6楼2013-09-23 18:54:22
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iovvoi

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hzdtctc at 2013-09-23 18:54:22
PDB包含是原子坐标信息,小分子蛋白都没有问题...

知道小分子的英文名称

去ncbi上可以进行下载 不用自己画
7楼2013-09-23 21:37:14
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huyingdamon

银虫 (小有名气)


楼主 您模拟还得小分子top吧 你怎么得到呢 谢谢哈
8楼2013-09-24 17:29:18
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ywj1986

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 感谢应助。 2013-10-30 18:54:18
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1493490里面都有
低调中努力前行
9楼2013-10-29 21:05:19
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ywj1986

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-16 18:04:14
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do下载就好呀
低调中努力前行
10楼2013-12-16 09:57:32
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