应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请问如何获取小分子的pdb文件
141/2返回列表12下一页
查看: 5182  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hzdtctc

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问如何获取小分子的pdb文件 已有5人参与

本人刚用DS，学生物的，想做蛋白和小分子的对接，小分子也就是常见的氨基酸、糖类等，不是药物之类的。
看了zinc，主要是商业化合物，而且貌似由2D转换成3D的坐标文件需要收费。不知道用cambrige office之类的软件画出来，再转化成的PDB的文件能否在DS中用？
基于我用的就是常见化合物，如氨基酸等，各位有没有数据库推荐，我可以直接在里面下到配体的pdb或其他格式的DS可用的文件呢？
多谢多谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-09-22 23:13:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

笑盲虫

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-10-30 18:53:40
用chemioffice的chemdraw先画出来，然后用3D的转一下就可以了，没有问题的
赞一下(1人) 回复此楼
用文字走路，用行动分析
2楼2013-09-23 06:43:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-30 18:53:48
氨基酸 也就那么几种吧，你找个蛋白质分子的PDB 文件，从中选取不就可以了嘛？
用VMD 很容易选择的

比如从库里下载一个 SP-C 蛋白，从中选取一个残基为 LEU 的，则

set  sel [atomselect top "resname LEU and resid 1"]
$sel writepdb leu.pdb
赞一下 回复此楼
3楼2013-09-23 08:47:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hzdtctc

新虫 (初入文坛)
内容已删除
回复此楼
4楼2013-09-23 12:18:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iovvoi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-10-30 18:54:02
小分子不保存成PDB格式  PDB格式是蛋白质的格式
赞一下 回复此楼
5楼2013-09-23 16:18:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hzdtctc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by iovvoi at 2013-09-23 16:18:07
小分子不保存成PDB格式  PDB格式是蛋白质的格式

PDB包含是原子坐标信息，小分子蛋白都没有问题
赞一下 回复此楼
6楼2013-09-23 18:54:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iovvoi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hzdtctc at 2013-09-23 18:54:22
PDB包含是原子坐标信息，小分子蛋白都没有问题...

知道小分子的英文名称

去ncbi上可以进行下载 不用自己画
赞一下 回复此楼
7楼2013-09-23 21:37:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)
楼主 您模拟还得小分子top吧 你怎么得到呢 谢谢哈
赞一下 回复此楼
8楼2013-09-24 17:29:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ywj1986

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢应助。 2013-10-30 18:54:18
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1493490里面都有
赞一下 回复此楼
低调中努力前行
9楼2013-10-29 21:05:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ywj1986

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-16 18:04:14
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do下载就好呀
赞一下 回复此楼
低调中努力前行
10楼2013-12-16 09:57:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hzdtctc 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 9/450 2026-08-11 22:12 by 医学老男孩
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +17 Lanmanbaby 2026-08-09 27/1350 2026-08-11 21:12 by klxdzh
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 yPv6ndDtiRxQ 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:09 by thgx1vqMqrLw
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 yPv6ndDtiRxQ 2026-08-11 3/150 2026-08-11 20:51 by thgx1vqMqrLw
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 yPv6ndDtiRxQ 2026-08-10 7/350 2026-08-11 20:39 by thgx1vqMqrLw
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭