24小时热门版块排行榜    

查看: 5258  |  回复: 13

hzdtctc

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问如何获取小分子的pdb文件 已有5人参与

本人刚用DS,学生物的,想做蛋白和小分子的对接,小分子也就是常见的氨基酸、糖类等,不是药物之类的。
看了zinc,主要是商业化合物,而且貌似由2D转换成3D的坐标文件需要收费。不知道用cambrige office之类的软件画出来,再转化成的PDB的文件能否在DS中用?
基于我用的就是常见化合物,如氨基酸等,各位有没有数据库推荐,我可以直接在里面下到配体的pdb或其他格式的DS可用的文件呢?
多谢多谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

笑盲虫

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-10-30 18:53:40
用chemioffice的chemdraw先画出来,然后用3D的转一下就可以了,没有问题的
用文字走路,用行动分析
2楼2013-09-23 06:43:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-30 18:53:48
氨基酸 也就那么几种吧,你找个蛋白质分子的PDB 文件,从中选取不就可以了嘛?
用VMD 很容易选择的

比如从库里下载一个 SP-C 蛋白,从中选取一个残基为 LEU 的,则

set  sel [atomselect top "resname LEU and resid 1"]
$sel writepdb leu.pdb
3楼2013-09-23 08:47:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hzdtctc

新虫 (初入文坛)

内容已删除
4楼2013-09-23 12:18:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iovvoi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-10-30 18:54:02
小分子不保存成PDB格式  PDB格式是蛋白质的格式
5楼2013-09-23 16:18:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hzdtctc

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by iovvoi at 2013-09-23 16:18:07
小分子不保存成PDB格式  PDB格式是蛋白质的格式

PDB包含是原子坐标信息,小分子蛋白都没有问题
6楼2013-09-23 18:54:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iovvoi

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hzdtctc at 2013-09-23 18:54:22
PDB包含是原子坐标信息,小分子蛋白都没有问题...

知道小分子的英文名称

去ncbi上可以进行下载 不用自己画
7楼2013-09-23 21:37:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)


楼主 您模拟还得小分子top吧 你怎么得到呢 谢谢哈
8楼2013-09-24 17:29:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ywj1986

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 感谢应助。 2013-10-30 18:54:18
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1493490里面都有
低调中努力前行
9楼2013-10-29 21:05:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ywj1986

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-16 18:04:14
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do下载就好呀
低调中努力前行
10楼2013-12-16 09:57:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hzdtctc 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-09-02 00:19 by xiangy672
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
请填处理意见