| 查看: 2301 | 回复: 6 | ||
[求助]
namd能量最小化完成后给我的十几个文件怎么没有pdb格式的呀
|
| 花了一个下午终于跟着namd教程做完了一次泛素的能量最小化模拟，但是到最后却给我一堆coor,dcg, log结尾的文件，还不能用vmd和pymol打开，这到底是怎么回事啊，求高手解答 |
回复此楼» 猜你喜欢
306求调剂
已经有5人回复
-
求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过
已经有9人回复
-
289材料与化工（085600）B区求调剂
已经有4人回复
-
一志愿武理材料工程348求调剂
已经有6人回复
-
08工科 320总分 求调剂
已经有11人回复
-
一志愿华中农业071010，总分320求调剂
已经有6人回复
-
323求调剂
已经有5人回复
-
284求调剂
已经有5人回复
-
317求调剂
已经有16人回复
-
287求调剂
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
已经有11人回复
- 【讨论】同源建模之后的能量最小化
已经有9人回复
- 【求助】弱问：怎样才能移植MS的PDB文件到NAMD中
已经有4人回复
- 【求助】namd和vmd就只能识别.pdb.psf.coor.vel等文件吗
已经有6人回复
2楼2013-06-11 08:24:57
broken1999
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 2167.4
- 散金: 464
- 红花: 6
- 帖子: 560
- 在线: 281.9小时
- 虫号: 1128677
- 注册: 2010-10-21
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-06-11 09:56:36
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2013-06-11 14:19:27
好的，我现在就去学习 5楼2013-06-11 15:09:33
xuxm03
金虫 (小有名气)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 1053.6
- 散金: 5
- 红花: 2
- 帖子: 276
- 在线: 461.2小时
- 虫号: 757207
- 注册: 2009-04-25
- 专业: 生物化学
|
namd的输出并没有提供pdb这个格式的选项，为此，你还得需要转换一下格式，成为你需要的pdb格式，以便在各个软件中使用，这里介绍的虽然还是vmd，还是不同以往，这里直接使用plugin的catdcd命令输出你要的pdb格式。 使用命令： catdcd -o outputfile [-otype <filetype>] [-i indexfile] [-stype <filetype>] [-s structurefile] [-first firstframe] [-last lastframe] [-stride stride] [-<filetype>] inputfile1 [-<filetype>] inputfile2 ... 例如：首先，确定你的dcd文件里一共含有多少frame catdcd -num your.dcd 然后这个会给出一共有多少frame，记住即可 然后进一步，如果你的dcd有10个frame，想输出最后一个frame的结构，可以这样执行 catdcd -o your_last_frame.pdb -otype pdb - first 10 -last 10 -s your.psf -dcd your.dcd 这样就会得出你需要的pdb格式的结构。 -o 输出文件的名字 -otype 输出文件的格式 -first 从第几个frame开始 -last 到哪个frame结束，默认的是最后一个，所以如果你输出最后一个frame，你可以不要这个选项 -s 结构文件，是你输入的psf文件或者与psf文件对应的那个pdb文件皆可 -dcd 你得到的轨迹文件 这样就大功告成了！！祝你学习路上一路顺风，不要一把心酸泪。。。。 |
6楼2013-06-11 18:13:02
broken1999
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 2167.4
- 散金: 464
- 红花: 6
- 帖子: 560
- 在线: 281.9小时
- 虫号: 1128677
- 注册: 2010-10-21
- 专业: 理论和计算化学
7楼2013-06-12 09:53:30
