| 查看: 1416 | 回复: 4 | |||
[交流]
【求助】弱问：怎样才能移植MS的PDB文件到NAMD中 已有4人参与
|
| 现在有MS的PDB文件，但是在NAMD/VMD中不能用，请问怎样改动才能让PDB文件在NAMD/VMD中使用？ |
回复此楼» 猜你喜欢
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有6人回复
-
什么时候开奖？
已经有11人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有6人回复
-
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有14人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有17人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有15人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有5人回复
-
跳槽后在研项目怎么办？
已经有10人回复
-
今天放榜吗？
已经有16人回复
-
93BebMhtakh前后11位开头都是大写
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- LC-MS条件的一般优化方法
已经有20人回复
- 如何将弱极性且极性相近的几种物质分开
已经有18人回复
- 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢
已经有11人回复
- 有人遇到过MS文件读写错误的情况吗？
已经有4人回复
- 咨询一下有关GC-MS的RI值（RetIndex）的问题
已经有3人回复
- 如何做动力学模拟pdb文件
已经有4人回复
- 把一个pdb的蛋白质复合物 保存成prmtop 和inpcrd 文件
已经有3人回复
- MS刚刚学习，遇到了Method of object failed 请求指教
已经有12人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】求助裸鼠移植瘤生长慢
已经有3人回复
- 【求助】怎样分析分子间相互作用体系的能量强弱
已经有4人回复
arthurii
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 3025.8
- 红花: 2
- 帖子: 902
- 在线: 207.3小时
- 虫号: 816600
- 注册: 2009-07-27
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
2楼2010-12-09 00:21:36
qphll
金虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 2708.7
- 散金: 2294
- 红花: 8
- 帖子: 554
- 在线: 227.1小时
- 虫号: 89654
- 注册: 2005-08-29
- 性别: GG
- 专业: 碳素材料与超硬材料
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-09 17:42:12
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-09 17:42:12
|
在VMD中读取应该问题不大的, 在open的时候, 选择文件格式为PDB. 在NAMD中使用, 那是需要修改的. 注意研究一下NAMD的例子, 看看它需要的文件, 是怎样的格式. 这是我以前的一段笔记, 希望对你能有一些帮助. As we know, NAMD needs four files to run the job, namely, (a) a force field in either CHARMM or X_PLOR format; (b) a PSF file in X_PLOR format to describe the molecularstructure; (c) a PDB file to describe the initial coordinates; (d) the configuration file We could easily handle with the force field file and the configuration file, but as far as the PDB and PSF files are concerned, they take me a lot of time. My procedures are as follows: 1. generate the (9,9) CNT by Material Studio, and convert it into pdb file by VEGA ZZ, so I get 99.pdb; 2. generate the water box and conver it into pdb file by VEGA ZZ, so here I have h2o.pdb; 3. write a small fortran code to combine the 99.pdb and h2o.pdb into one pdb file, namely, 9_9_cooh_combined.pdb; 4. convert the final pdb file into psf file by VEGA ZZ, and I have to use Ultraedit to modify the charge values and the atom index, anyhow, we will have 9_9_cooh_combined.psf. As you know, it is really painful and time consuming in the step 3 and 4. |
3楼2010-12-09 00:47:48
zhaoyanfei
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2645.9
- 帖子: 119
- 在线: 138.1小时
- 虫号: 1043844
- 注册: 2010-06-19
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2011-02-21 21:46:57
5楼2011-03-03 21:16:14
