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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】弱问：怎样才能移植MS的PDB文件到NAMD中
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kingtin

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】弱问：怎样才能移植MS的PDB文件到NAMD中已有4人参与

现在有MS的PDB文件，但是在NAMD/VMD中不能用，请问怎样改动才能让PDB文件在NAMD/VMD中使用？
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1楼2010-12-08 14:23:43
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-12-10 10:56:28
pdb不是通用的吗？你在VMD上打不开？
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2楼2010-12-09 00:21:36
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qphll

金虫 (正式写手)
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zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-09 17:42:12
引用回帖:
Originally posted by kingtin at 2010-12-08 14:23:43:
现在有MS的PDB文件，但是在NAMD/VMD中不能用，请问怎样改动才能让PDB文件在NAMD/VMD中使用？

在VMD中读取应该问题不大的, 在open的时候, 选择文件格式为PDB.

在NAMD中使用, 那是需要修改的. 注意研究一下NAMD的例子, 看看它需要的文件, 是怎样的格式.

这是我以前的一段笔记, 希望对你能有一些帮助.

As we know, NAMD needs four files to run the job, namely,
(a) a force field in either CHARMM or X_PLOR format;
(b) a PSF file in X_PLOR format to describe the molecularstructure;
(c) a PDB file to describe the initial coordinates;
(d) the configuration file

We could easily handle with the force field file and the configuration file, but as far as the PDB and PSF files are concerned, they take me a lot of time.

My procedures are as follows:
1. generate the (9,9) CNT by Material Studio, and convert it into pdb file by VEGA ZZ, so I get 99.pdb;

2. generate the water box and conver it into pdb file by VEGA ZZ, so here I have h2o.pdb;

3. write a small fortran code to combine the 99.pdb and h2o.pdb into one pdb file, namely, 9_9_cooh_combined.pdb;

4. convert the final pdb file into psf file by VEGA ZZ, and I have to use Ultraedit to modify the charge values and the atom index, anyhow, we will have 9_9_cooh_combined.psf.

As you know, it is really painful and time consuming in the step 3 and 4.
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Life, Love, Laugh.
3楼2010-12-09 00:47:48
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zhaoyanfei

木虫 (小有名气)
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zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-02-21 22:43:22

应该能用的吧，pdb格式是固定统一的
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以虚养心，以德养身，以仁义养天下万物，以道养天下万世
4楼2011-02-21 21:46:57
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1dubo

银虫 (小有名气)
试试PRODRG吧
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5楼2011-03-03 21:16:14
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