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【求助】弱问：怎样才能移植MS的PDB文件到NAMD中 已有4人参与
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| 现在有MS的PDB文件，但是在NAMD/VMD中不能用，请问怎样改动才能让PDB文件在NAMD/VMD中使用？ |
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2楼2010-12-09 00:21:36
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-09 17:42:12
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在VMD中读取应该问题不大的, 在open的时候, 选择文件格式为PDB. 在NAMD中使用, 那是需要修改的. 注意研究一下NAMD的例子, 看看它需要的文件, 是怎样的格式. 这是我以前的一段笔记, 希望对你能有一些帮助. As we know, NAMD needs four files to run the job, namely, (a) a force field in either CHARMM or X_PLOR format; (b) a PSF file in X_PLOR format to describe the molecularstructure; (c) a PDB file to describe the initial coordinates; (d) the configuration file We could easily handle with the force field file and the configuration file, but as far as the PDB and PSF files are concerned, they take me a lot of time. My procedures are as follows: 1. generate the (9,9) CNT by Material Studio, and convert it into pdb file by VEGA ZZ, so I get 99.pdb; 2. generate the water box and conver it into pdb file by VEGA ZZ, so here I have h2o.pdb; 3. write a small fortran code to combine the 99.pdb and h2o.pdb into one pdb file, namely, 9_9_cooh_combined.pdb; 4. convert the final pdb file into psf file by VEGA ZZ, and I have to use Ultraedit to modify the charge values and the atom index, anyhow, we will have 9_9_cooh_combined.psf. As you know, it is really painful and time consuming in the step 3 and 4. |
3楼2010-12-09 00:47:48
zhaoyanfei
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