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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » namd能量最小化完成后给我的十几个文件怎么没有pdb格式的呀
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nsaa001

铜虫 (初入文坛)

[求助] namd能量最小化完成后给我的十几个文件怎么没有pdb格式的呀

花了一个下午终于跟着namd教程做完了一次泛素的能量最小化模拟，但是到最后却给我一堆coor,dcg, log结尾的文件，还不能用vmd和pymol打开，这到底是怎么回事啊，求高手解答
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1楼2013-06-11 04:23:25
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broken1999

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-06-11 14:19:27
不用导入原始的PDB文件，导入DCD之前要导入的是原始的PSF文件

虽然导入PDB文件，再导入DCD文件也能得到小电影，但是这种做法是不对的。。。原子之间的成键是由VMD猜测的，很有可能猜错...

受教了
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7楼2013-06-12 09:53:30
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nsaa001: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2013-06-11 15:08:21
1、你为什么不读手册呢？
2、“一堆coor,dcg, log结尾的文件”，这些文件是什么意思？你为什么不去弄懂呢？（还有打错的）
3、还不能用vmd 打开，是因为你没有认真对待上面的两个问题
4、论坛里发帖子的时候，都会提示你先搜索论坛，看看有没有类似的问题，之前发过。
5、你看的教程里面就没有教你怎么用VMD 载入，分析，处理轨迹文件吗？
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2013-06-11 08:24:57
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
nsaa001: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-06-11 15:08:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by broken1999 at 2013-06-11 09:56:36
楼上比较捉急，楼主要理解

作为一个初学者，我也遇到过类似的问题

从教程入手是对的，直接攻手册会导致迷茫

pdb 文件属于输入文件，模拟进行前就设定了，整个过程都不会变更

dcd 文件记录的是变化的轨迹 ...

不用导入原始的PDB文件，导入DCD之前要导入的是原始的PSF文件

虽然导入PDB文件，再导入DCD文件也能得到小电影，但是这种做法是不对的。。。原子之间的成键是由VMD猜测的，很有可能猜错
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2013-06-11 14:19:27
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nsaa001

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-06-11 08:24:57
1、你为什么不读手册呢？
2、“一堆coor,dcg, log结尾的文件”，这些文件是什么意思？你为什么不去弄懂呢？（还有打错的）
3、还不能用vmd 打开，是因为你没有认真对待上面的两个问题
4、论坛里发帖子的时候，都 ...

好的，我现在就去学习
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5楼2013-06-11 15:09:33
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