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namd能量最小化完成后给我的十几个文件怎么没有pdb格式的呀
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| 花了一个下午终于跟着namd教程做完了一次泛素的能量最小化模拟，但是到最后却给我一堆coor,dcg, log结尾的文件，还不能用vmd和pymol打开，这到底是怎么回事啊，求高手解答 |
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fhh2626
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namd的输出并没有提供pdb这个格式的选项，为此，你还得需要转换一下格式，成为你需要的pdb格式，以便在各个软件中使用，这里介绍的虽然还是vmd，还是不同以往，这里直接使用plugin的catdcd命令输出你要的pdb格式。 使用命令： catdcd -o outputfile [-otype <filetype>] [-i indexfile] [-stype <filetype>] [-s structurefile] [-first firstframe] [-last lastframe] [-stride stride] [-<filetype>] inputfile1 [-<filetype>] inputfile2 ... 例如：首先，确定你的dcd文件里一共含有多少frame catdcd -num your.dcd 然后这个会给出一共有多少frame，记住即可 然后进一步，如果你的dcd有10个frame，想输出最后一个frame的结构，可以这样执行 catdcd -o your_last_frame.pdb -otype pdb - first 10 -last 10 -s your.psf -dcd your.dcd 这样就会得出你需要的pdb格式的结构。 -o 输出文件的名字 -otype 输出文件的格式 -first 从第几个frame开始 -last 到哪个frame结束，默认的是最后一个，所以如果你输出最后一个frame，你可以不要这个选项 -s 结构文件，是你输入的psf文件或者与psf文件对应的那个pdb文件皆可 -dcd 你得到的轨迹文件 这样就大功告成了！！祝你学习路上一路顺风，不要一把心酸泪。。。。 |
6楼2013-06-11 18:13:02
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