应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
121/2返回列表12下一页
查看: 2706  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

qxluan88

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊

请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

NAMD NAMD

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-28 15:13:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-28 16:11:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 16:11:11
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all
$all writepdb yourfile.pdb...

谢谢你的回答，我是做能量最小化的嘛，按照你给的命令我的确获得了一个pdb文件，请问这个文件是我能量最小化获得的最后一帧吗？
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-28 16:40:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 16:11:11
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all
$all writepdb yourfile.pdb...

高手请指教，我卡这儿好久了捏
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-28 17:06:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by qxluan88 at 2013-03-28 16:40:13
谢谢你的回答，我是做能量最小化的嘛，按照你给的命令我的确获得了一个pdb文件，请问这个文件是我能量最小化获得的最后一帧吗？...

多看看手册，
你先应该弄明白，你能量最小化输出了哪些东西？
输出的那些文件，每个文件是什么意思？
这些手册上都讲解的很清楚

PS,为什么一定要PDB文件呢？
一般模拟，能量最小化之后该进行别的模拟了啊，不用pdb文件照样可以继续啊
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-28 17:52:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 17:52:43
多看看手册，
你先应该弄明白，你能量最小化输出了哪些东西？
输出的那些文件，每个文件是什么意思？
这些手册上都讲解的很清楚

PS,为什么一定要PDB文件呢？
一般模拟，能量最小化之后该进行别的模拟了啊， ...

我做完能量最小化想直接做对接的，完了复合物再做动力学分析的，因为时间比较赶，的确没有好好看手册，dcd是轨迹文件的嘛，我就是想知道你教我的这个命令没有涉及第几帧比如多少ps,那咋知道输出的pdb文件是哪一帧捏。。。拜托拜托
赞一下 回复此楼
6楼2013-03-28 19:29:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
qxluan88: 金币+5, ★有帮助 2013-03-31 16:23:36
那就这个了：
比如说你想取第 10 帧

mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
animate goto 10
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb

至于第10 帧是多少 ps ,这得问你自己
赞一下 回复此楼
7楼2013-03-28 20:19:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 20:19:34
那就这个了：
比如说你想取第 10 帧

mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
animate goto 10
set all
$all writepdb yourfile.pdb

至于第10 帧是多少 ps ,这得问你自己

谢谢你耐心的回答我的问题，那我能量最小化取最后一帧就好了嘛
赞一下 回复此楼
8楼2013-03-29 10:06:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-29 13:53:07
qxluan88: 金币+5, ★有帮助 2013-03-31 16:23:26
开VMD，选save coordinates，然后first，last都输入最后一帧就行了
赞一下 回复此楼
9楼2013-03-29 13:46:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-29 13:53:20
或者读入psf和.coor文件，用VMD另存为PDB就好了
赞一下 回复此楼
10楼2013-03-29 13:47:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qxluan88 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物与医药273求调剂 +6 荔题南墙 2026-04-05 6/300 2026-04-06 08:35 by zhangdingwa
[考研] 材料调剂 +8 一样YWY 2026-04-05 9/450 2026-04-06 07:24 by hmn_wj
[考研] 0703化学调剂325分 +10 15771691647 2026-04-04 10/500 2026-04-06 06:31 by houyaoxu
[考研] 0703调剂 +12 拾玖壹 2026-04-04 13/650 2026-04-06 06:26 by houyaoxu
[考研] 08专硕275调剂 +5 AaAa7420 2026-04-05 5/250 2026-04-05 18:01 by jkddd
[考研] 一志愿江南大学085501机械工程专硕326分，本科佳木斯大学 +5 顾若浮生 2026-04-03 9/450 2026-04-05 09:57 by 1753564080
[考研] 一志愿安徽某211 0703化学总分339求调剂 +6 晚风不晚 2026-04-04 6/300 2026-04-04 20:11 by dongzh2009
[考研] 一志愿华北电力大学（北京），材料科学与工程学硕265，求调剂 +11 yelck 2026-04-03 12/600 2026-04-04 19:52 by dongzh2009
[考研] 368求调剂 +5 今华习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 18:47 by imissbao
[考研] 一志愿华中农业071010，总分320求调剂 +7 困困困困坤坤 2026-04-02 7/350 2026-04-03 17:26 by Yuena_Wang
[考研] 11408，284分，二战真诚求调剂 +4 12.27 2026-04-02 4/200 2026-04-03 14:14 by dxiaoxin
[考研] 285求调剂 +6 FZAC123 2026-03-30 6/300 2026-04-03 12:22 by xingguangj
[考研] 262求调剂 +6 励志一定发文章 2026-04-02 7/350 2026-04-03 09:54 by linyelide
[考研] 一志愿安徽大学0817化学工程与技术，求调剂 +14 我不是只因 2026-04-02 15/750 2026-04-03 09:49 by 蓝云思雨
[考研] 材料化工340求调剂 +5 jhx777 2026-03-30 5/250 2026-04-02 12:45 by smileboy2006
[考研] 298求B区调剂 +4 zzz，，r 2026-04-02 5/250 2026-04-02 12:17 by 土木硕士招生
[考研] 化学工程专硕324分，一志愿中国矿业大学求调剂 +7 耿耿1314 2026-04-01 7/350 2026-04-02 07:40 by 尚水阁主
[考研] 求调剂 +4 DADA怪 2026-03-31 4/200 2026-04-01 14:30 by ZXlzxl0425
[考研] 301求调剂 +8 axibli 2026-04-01 8/400 2026-04-01 09:51 by 我的船我的海
[考研] 一志愿大连理工大学，机械工程学硕，341 +3 西瓜田的守望者 2026-03-30 3/150 2026-03-31 11:08 by asdfzly
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭