应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
121/2返回列表12下一页
查看: 3007  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

qxluan88

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊

请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

NAMD NAMD

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-28 15:13:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-28 16:11:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 16:11:11
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all
$all writepdb yourfile.pdb...

谢谢你的回答，我是做能量最小化的嘛，按照你给的命令我的确获得了一个pdb文件，请问这个文件是我能量最小化获得的最后一帧吗？
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-28 16:40:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 16:11:11
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all
$all writepdb yourfile.pdb...

高手请指教，我卡这儿好久了捏
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-28 17:06:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by qxluan88 at 2013-03-28 16:40:13
谢谢你的回答，我是做能量最小化的嘛，按照你给的命令我的确获得了一个pdb文件，请问这个文件是我能量最小化获得的最后一帧吗？...

多看看手册，
你先应该弄明白，你能量最小化输出了哪些东西？
输出的那些文件，每个文件是什么意思？
这些手册上都讲解的很清楚

PS,为什么一定要PDB文件呢？
一般模拟，能量最小化之后该进行别的模拟了啊，不用pdb文件照样可以继续啊
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-28 17:52:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 17:52:43
多看看手册，
你先应该弄明白，你能量最小化输出了哪些东西？
输出的那些文件，每个文件是什么意思？
这些手册上都讲解的很清楚

PS,为什么一定要PDB文件呢？
一般模拟，能量最小化之后该进行别的模拟了啊， ...

我做完能量最小化想直接做对接的，完了复合物再做动力学分析的，因为时间比较赶，的确没有好好看手册，dcd是轨迹文件的嘛，我就是想知道你教我的这个命令没有涉及第几帧比如多少ps,那咋知道输出的pdb文件是哪一帧捏。。。拜托拜托
赞一下 回复此楼
6楼2013-03-28 19:29:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
qxluan88: 金币+5, ★有帮助 2013-03-31 16:23:36
那就这个了：
比如说你想取第 10 帧

mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
animate goto 10
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb

至于第10 帧是多少 ps ,这得问你自己
赞一下 回复此楼
7楼2013-03-28 20:19:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 20:19:34
那就这个了：
比如说你想取第 10 帧

mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
animate goto 10
set all
$all writepdb yourfile.pdb

至于第10 帧是多少 ps ,这得问你自己

谢谢你耐心的回答我的问题，那我能量最小化取最后一帧就好了嘛
赞一下 回复此楼
8楼2013-03-29 10:06:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-29 13:53:07
qxluan88: 金币+5, ★有帮助 2013-03-31 16:23:26
开VMD，选save coordinates，然后first，last都输入最后一帧就行了
赞一下 回复此楼
9楼2013-03-29 13:46:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-29 13:53:20
或者读入psf和.coor文件，用VMD另存为PDB就好了
赞一下 回复此楼
10楼2013-03-29 13:47:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qxluan88 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +4 苏东坡二世 2026-08-23 4/200 2026-08-27 09:18 by 冥王篇
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 +7 晴天加油 2026-08-26 8/400 2026-08-27 07:53 by longfie172
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 04:33 by Ie9AyIAvGbvs
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 02:01 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 怎么查啊 +5 huang1991js 2026-08-26 5/250 2026-08-26 16:09 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +4 yuleib84 2026-08-26 5/250 2026-08-26 13:40 by yuleib84
[基金申请] 科研孤儿太难了 +21 我4大白菜 2026-08-20 22/1100 2026-08-26 11:29 by nlgza
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[职场人生] 学生撞见辅导员送外卖，第二天全班都沉默了 +3 鲸鱼融金_浙江_� 2026-08-22 3/150 2026-08-26 09:01 by zzuzxg
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭