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qxluan88

新虫 (初入文坛)

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[求助] 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊

请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊

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1楼 2013-03-28 15:13:51

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fhh2626

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-29 13:53:20

或者读入psf和.coor文件，用VMD另存为PDB就好了

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10楼2013-03-29 13:47:57

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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb

或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb

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2楼2013-03-28 16:11:11

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qxluan88

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 16:11:11
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all
$all writepdb yourfile.pdb

或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all
$all writepdb yourfile.pdb...

谢谢你的回答，我是做能量最小化的嘛，按照你给的命令我的确获得了一个pdb文件，请问这个文件是我能量最小化获得的最后一帧吗？