应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
51/1返回列表
查看: 2953  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

qxluan88

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊

请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

NAMD NAMD

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-28 15:13:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 16:11:11
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all
$all writepdb yourfile.pdb...

谢谢你的回答，我是做能量最小化的嘛，按照你给的命令我的确获得了一个pdb文件，请问这个文件是我能量最小化获得的最后一帧吗？
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-28 16:40:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-28 16:11:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 16:11:11
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all
$all writepdb yourfile.pdb...

高手请指教，我卡这儿好久了捏
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-28 17:06:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by qxluan88 at 2013-03-28 16:40:13
谢谢你的回答，我是做能量最小化的嘛，按照你给的命令我的确获得了一个pdb文件，请问这个文件是我能量最小化获得的最后一帧吗？...

多看看手册，
你先应该弄明白，你能量最小化输出了哪些东西？
输出的那些文件，每个文件是什么意思？
这些手册上都讲解的很清楚

PS,为什么一定要PDB文件呢？
一般模拟，能量最小化之后该进行别的模拟了啊，不用pdb文件照样可以继续啊
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-28 17:52:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +3 Tide man 2026-08-10 3/150 2026-08-10 21:48 by GZUZM
[基金申请] FileCode能看出啥？ +7 要乐观耀哥 2026-08-10 15/750 2026-08-10 19:29 by 要乐观耀哥
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +10 yufeiwaner 2026-08-09 11/550 2026-08-10 18:47 by yufeiwaner
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 11/550 2026-08-10 17:09 by 六两废铜
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +4 布布和一二 2026-08-10 4/200 2026-08-10 14:50 by 医学老男孩
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 有没有H口的？有收到消息的吗？ +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭