[交流] 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误

Originally posted by wally8962 at 2010-12-19 19:17:32:
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S

Originally posted by nufang19a at 2010-12-19 21:42:40:
看着又少空格了，你要细心

Originally posted by nufang19a at 2010-12-19 21:42:40:
看着又少空格了，你要细心

Originally posted by sjnyongle at 2010-12-20 09:22:43:
你可以把所有的输入写道一个tc脚本中, 比如名字为11.tcl
然后在11.tcl中写入：
mol delete all
mol load pdb KCSA-ALL.pdb
foreach S { A B C D } {
set seg [atomselect top "segname $S and chain C  ...

Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 10:31:20:

segD.pdb貌似里面什么也没有啊，不知道出了什么问题？

Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 11:25:12:

Originally posted by sjnyongle at 2010-12-20 14:46:09:
“unknown residue type k”
你的pdb里面肯定有错误，你的操作可能有误，因为我做过这个tutorial,没有问题，你可能要再看看了
或者你直接用tutorial给出的example-file.先熟悉一下怎么做，然后再自己做出来。
...

Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 14:51:42:


这个是例子里面给出的输出，我的貌似每个文件有点大小上的差别啊，不知道是怎么搞的，我都是按照例子来的啊。

Originally posted by wally8962 at 2010-12-20 15:50:05:
那个top里面没有K，只有pot，你得alias一下。

Originally posted by wally8962 at 2010-12-20 16:20:51:
“unknown residue type k”
1k4c.pdb 中的钾离子的name核residue name都是“K”，而charmm top中的钾离子则是“POT”
问题就出在这里。
你可以先在1k4c.pdb中删掉钾离子，避免这些麻烦。
或者alias一下
pdb ...

Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 16:39:51:

我做出来的KCSA-A.pdb比例子给出的大，是不是也是这个问题？

Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 16:42:14:

我把例子里面拷贝出来的KCSA-ALL.pdb就能做的下去，但是当我运用命令
solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa 后，什么也没有，这是为什么？

Originally posted by wally8962 at 2010-12-20 19:59:15:
>Main< (01-BUILD) 59 % solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa
Info) Usage: solvate ...

info是告诉你命令的用法，
solvate