应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » Perl 生物信息学编程求助，运行出现问题，烦请帮忙查找一下错误，谢谢！
41/1返回列表
查看: 2195  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

csdyg

木虫 (正式写手)

[求助] Perl 生物信息学编程求助，运行出现问题，烦请帮忙查找一下错误，谢谢！

下面是我用Perl 写的一个有关统计成对比对氨基酸序列中氨基酸取代的一个程序。运行时从第一个序列文件中提取出双序列进行比对后统计氨基酸取代，然后进行读取第二个文件中的氨基酸序列进行比对再统计总的氨基酸取代，这样依次进行。

但是目前的程序在读取第二个文件中的序列后得到的统计结果不是加上第一个文件中的结果，而是出现一些莫名其妙的增减。

烦请高手帮忙检查错误，非常感谢！

#!/usr/bin/perl -w


use SOAP::Lite;
my($service) = SOAP::Lite->proxy('http://www.ebi.ac.uk/soap$

if (@ARGV!=1){
  print "The file is missing\n";
  exit;
}

$filename=$ARGV[0];
if (open(E,$filename)){

while($file= ){
  chomp $file;


if (open(F,$file)){
  $seq="";
  while($line= ){
    $seq=$seq.$line;
  }
}


@a=split(/\n\n/,$seq );
$seq1=$a[0];
$seq2=$a[1];


my($soap_response)=
   $service->runAndWaitFor(
      SOAP:: Data->type(map=>{
         asequence_direct_data => $seq1,
         bsequence_direct_data => $seq2
}));
my(@res) = $soap_response->paramsout;
my($res) = $soap_response->result;
my($outfile) = %$res->{'outfile'};

@b=split(/#[=-]+/,$outfile);
$align=$b[2];


@c=split(/ [0-9]+/,$align);

$i=0;
$n=@c;

$s1="";
$s2="";
while ($i<$n){
  if ($i%4==1){
    $s1=$s1.$c[$i];
  }
  if ($i%4==3){
    $s2=$s2.$c[$i];
  }
  $i++;
}


$s1=~ s/\s*//g;
$s2=~ s/\s*//g;

$n=length $s1;

for($i=0; $i<$n; $i++){
  $a1=substr($s1,$i,1);
  $a2=substr($s2,$i,1);
  if (($a1 ne "-" ) and ($a2 ne "-" )){
    $p="$a1,$a2";
    $count{$p}++;
  }

}

close F;


}
}
close E;

foreach $key (keys %count){
  print "$key $count{$key}\n";
}

[ Last edited by jjdg on 2012-3-6 at 02:22 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

perl语言专栏

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-03-05 06:57:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

csdyg

木虫 (正式写手)
请高手帮忙
回复此楼
2楼2012-03-05 20:45:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sharon0812

金虫 (初入文坛)
你可以把你的两个文件的前几行贴出来 我看看文件的格式然后给你帮助
赞一下 回复此楼
3楼2012-04-10 11:32:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lxj1989

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
perl语言的交流群231282024，大家多交流
赞一下 回复此楼
4楼2012-04-26 17:41:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 csdyg 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:42 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:34 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:18 by ZvyPK8n6Nfki
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:46 by b8fCuTHqckEt
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 4/200 2026-09-28 23:19 by b8fCuTHqckEt
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:12 by b8fCuTHqckEt
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:45 by ez6fGg9abYaj
[有机交流] 同一个分子，一条来自文献，一条来自AI——不告诉你答案，你会选哪条？ +3 tianxiaoxian 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:44 by tianxiaoxian
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:32 by ez6fGg9abYaj
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:28 by ez6fGg9abYaj
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 3/150 2026-09-28 22:21 by ez6fGg9abYaj
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 17:30 by ZYXdhzDAy9ZX
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意！ +7 zju2000 2026-09-26 8/400 2026-09-28 16:42 by beefly
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 15:32 by ZYXdhzDAy9ZX
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭