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csdyg木虫 (正式写手)
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[求助]
Perl 生物信息学编程求助，运行出现问题，烦请帮忙查找一下错误，谢谢！
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下面是我用Perl 写的一个有关统计成对比对氨基酸序列中氨基酸取代的一个程序。运行时从第一个序列文件中提取出双序列进行比对后统计氨基酸取代，然后进行读取第二个文件中的氨基酸序列进行比对再统计总的氨基酸取代，这样依次进行。 但是目前的程序在读取第二个文件中的序列后得到的统计结果不是加上第一个文件中的结果，而是出现一些莫名其妙的增减。 烦请高手帮忙检查错误，非常感谢！ #!/usr/bin/perl -w use SOAP::Lite; my($service) = SOAP::Lite->proxy('http://www.ebi.ac.uk/soap$ if (@ARGV!=1){ print "The file is missing\n"; exit; } $filename=$ARGV[0]; if (open(E,$filename)){ while($file= chomp $file; if (open(F,$file)){ $seq=""; while($line= $seq=$seq.$line; } } @a=split(/\n\n/,$seq ); $seq1=$a[0]; $seq2=$a[1]; my($soap_response)= $service->runAndWaitFor( SOAP:: Data->type(map=>{ asequence_direct_data => $seq1, bsequence_direct_data => $seq2 })); my(@res) = $soap_response->paramsout; my($res) = $soap_response->result; my($outfile) = %$res->{'outfile'}; @b=split(/#[=-]+/,$outfile); $align=$b[2]; @c=split(/ [0-9]+/,$align); $i=0; $n=@c; $s1=""; $s2=""; while ($i<$n){ if ($i%4==1){ $s1=$s1.$c[$i]; } if ($i%4==3){ $s2=$s2.$c[$i]; } $i++; } $s1=~ s/\s*//g; $s2=~ s/\s*//g; $n=length $s1; for($i=0; $i<$n; $i++){ $a1=substr($s1,$i,1); $a2=substr($s2,$i,1); if (($a1 ne "-" ) and ($a2 ne "-" )){ $p="$a1,$a2"; $count{$p}++; } } close F; } } close E; foreach $key (keys %count){ print "$key $count{$key}\n"; } [ Last edited by jjdg on 2012-3-6 at 02:22 ] |
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csdyg
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