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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » Perl 生物信息学编程求助，运行出现问题，烦请帮忙查找一下错误，谢谢！
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csdyg

木虫 (正式写手)

[求助] Perl 生物信息学编程求助，运行出现问题，烦请帮忙查找一下错误，谢谢！

下面是我用Perl 写的一个有关统计成对比对氨基酸序列中氨基酸取代的一个程序。运行时从第一个序列文件中提取出双序列进行比对后统计氨基酸取代，然后进行读取第二个文件中的氨基酸序列进行比对再统计总的氨基酸取代，这样依次进行。

但是目前的程序在读取第二个文件中的序列后得到的统计结果不是加上第一个文件中的结果，而是出现一些莫名其妙的增减。

烦请高手帮忙检查错误，非常感谢！

#!/usr/bin/perl -w


use SOAP::Lite;
my($service) = SOAP::Lite->proxy('http://www.ebi.ac.uk/soap$

if (@ARGV!=1){
  print "The file is missing\n";
  exit;
}

$filename=$ARGV[0];
if (open(E,$filename)){

while($file= ){
  chomp $file;


if (open(F,$file)){
  $seq="";
  while($line= ){
    $seq=$seq.$line;
  }
}


@a=split(/\n\n/,$seq );
$seq1=$a[0];
$seq2=$a[1];


my($soap_response)=
   $service->runAndWaitFor(
      SOAP:: Data->type(map=>{
         asequence_direct_data => $seq1,
         bsequence_direct_data => $seq2
}));
my(@res) = $soap_response->paramsout;
my($res) = $soap_response->result;
my($outfile) = %$res->{'outfile'};

@b=split(/#[=-]+/,$outfile);
$align=$b[2];


@c=split(/ [0-9]+/,$align);

$i=0;
$n=@c;

$s1="";
$s2="";
while ($i<$n){
  if ($i%4==1){
    $s1=$s1.$c[$i];
  }
  if ($i%4==3){
    $s2=$s2.$c[$i];
  }
  $i++;
}


$s1=~ s/\s*//g;
$s2=~ s/\s*//g;

$n=length $s1;

for($i=0; $i<$n; $i++){
  $a1=substr($s1,$i,1);
  $a2=substr($s2,$i,1);
  if (($a1 ne "-" ) and ($a2 ne "-" )){
    $p="$a1,$a2";
    $count{$p}++;
  }

}

close F;


}
}
close E;

foreach $key (keys %count){
  print "$key $count{$key}\n";
}

[ Last edited by jjdg on 2012-3-6 at 02:22 ]
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1楼 2012-03-05 06:57:26
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csdyg

木虫 (正式写手)
请高手帮忙
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2楼2012-03-05 20:45:43
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sharon0812

金虫 (初入文坛)
你可以把你的两个文件的前几行贴出来 我看看文件的格式然后给你帮助
赞一下 回复此楼
3楼2012-04-10 11:32:16
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lxj1989

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
perl语言的交流群231282024，大家多交流
赞一下 回复此楼
4楼2012-04-26 17:41:16
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