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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误

我已经按照membrane proteins tutorial做出了KCSA.pdb文件，但是在实行tcl语句：foreach S{A B C D}{set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]$seg writepdb seg$S.pdb $seg delete的时候，却出现了：can't read "S": no such variable
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1楼2010-12-19 13:41:46
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 16:42:14:

我把例子里面拷贝出来的KCSA-ALL.pdb就能做的下去，但是当我运用命令
solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa 后，什么也没有，这是为什么？

我敲击了这个命令后，显示的是这么多：
>Main< (01-BUILD) 59 % solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa
Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
Info)     -o (data will be written to output.psf/output.pdb)
Info)     -s (should be either one or two letters; default WT)
Info)     -b (minimum distance between water and solute, default 2.4)
Info)     -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}}
Info)     -rotate (rotate molecule to minimize water volume)
Info)     -rotsel (selection of atoms to check for rotation)
Info)     -rotinc (degree increment for rotation)
Info)     -t (override with any of the following)
Info)     -x
Info)     -y
Info)     -z
Info)     +x
Info)     +y
Info)     +z
Info)     The following options allow the use of solvent other than water:
Info)       -spsf (PSF file for nonstandard solvent)
Info)       -spdb (PDB file for nonstandard solvent)
Info)       -stop (Topology file for nonstandard solvent)
Info)       -ws (Box length for nonstandard solvent)
Info)       -ks (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent)

>Main< (01-BUILD) 60 %
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23楼2010-12-20 16:46:06
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 23:06:33
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S
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2楼2010-12-19 19:17:32
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好人一生平安

金虫 (正式写手)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
好俊的图，可惜不懂......
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3楼2010-12-19 19:33:13
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-19 19:17:32:
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S

现在却出现了这个问题：
(VMD) 1 % foreach S { A B C D } {                                                            set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]                               $seg writepdb seg$S.pdb                                                         $seg delete                                                                  }
can't read "seg": no such variable
>Main< (VMD) 2 %
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4楼2010-12-19 20:35:47
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wjq87070812楼
2010-12-20 12:08   回复  
zyj8119(金币+1):谢谢参与
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