应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
51/1返回列表
查看: 4208  |  回复: 30
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误

我已经按照membrane proteins tutorial做出了KCSA.pdb文件，但是在实行tcl语句：foreach S{A B C D}{set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]$seg writepdb seg$S.pdb $seg delete的时候，却出现了：can't read "S": no such variable
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-19 13:41:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 16:42:14:

我把例子里面拷贝出来的KCSA-ALL.pdb就能做的下去，但是当我运用命令
solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa 后，什么也没有，这是为什么？

我敲击了这个命令后，显示的是这么多：
>Main< (01-BUILD) 59 % solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa
Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
Info)     -o (data will be written to output.psf/output.pdb)
Info)     -s (should be either one or two letters; default WT)
Info)     -b (minimum distance between water and solute, default 2.4)
Info)     -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}}
Info)     -rotate (rotate molecule to minimize water volume)
Info)     -rotsel (selection of atoms to check for rotation)
Info)     -rotinc (degree increment for rotation)
Info)     -t (override with any of the following)
Info)     -x
Info)     -y
Info)     -z
Info)     +x
Info)     +y
Info)     +z
Info)     The following options allow the use of solvent other than water:
Info)       -spsf (PSF file for nonstandard solvent)
Info)       -spdb (PDB file for nonstandard solvent)
Info)       -stop (Topology file for nonstandard solvent)
Info)       -ws (Box length for nonstandard solvent)
Info)       -ks (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent)

>Main< (01-BUILD) 60 %
赞一下 回复此楼
23楼2010-12-20 16:46:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 31 个回答

wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 23:06:33
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-12-19 19:17:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

好人一生平安

金虫 (正式写手)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
好俊的图，可惜不懂......
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-12-19 19:33:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-19 19:17:32:
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S

现在却出现了这个问题：
(VMD) 1 % foreach S { A B C D } {                                                            set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]                               $seg writepdb seg$S.pdb                                                         $seg delete                                                                  }
can't read "seg": no such variable
>Main< (VMD) 2 %
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-19 20:35:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
wjq87070812楼
2010-12-20 12:08   回复  
zyj8119(金币+1):谢谢参与
查看全部 31 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +7 Isak0320 2026-10-12 10/500 2026-10-12 22:38 by 大飞鱼鱼鱼
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +4 wangyl_123 2026-10-10 8/400 2026-10-12 18:09 by wangyl_123
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +3 好运来～9527 2026-10-10 6/300 2026-10-12 14:55 by 简单化xn
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭