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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误

我已经按照membrane proteins tutorial做出了KCSA.pdb文件，但是在实行tcl语句：foreach S{A B C D}{set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]$seg writepdb seg$S.pdb $seg delete的时候，却出现了：can't read "S": no such variable
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1楼 2010-12-19 13:41:46
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 11:25:12:


使用source buildpsf.tcl的时候，出现错误：
reading topology file ../top_all27_prot_lipid.rtf

> CHARMM22 All-Hydrogen Topology File for Proteins and Lipids <<
>>>>>> Includes phi, psi cross term map (CMAP) correction <<<<<<
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>   July 2004    <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
All comments to ADM jr. via the CHARMM web site: www.charmm.org
               parameter set discussion forum

Created by CHARMM version 31 1
cross-term entries present in topology definitions
aliasing residue HIS to HSE
aliasing residue ILE atom CD1 to CD
aliasing residue HOH atom O to OH2
aliasing residue HOH to TIP3
building segment A
reading residues from pdb file segA.pdb
unknown residue type K
unknown residue type K
unknown residue type K
unknown residue type K
unknown residue type K
unknown residue type K
unknown residue type K
unknown residue type DGA
extracted 169 residues from pdb file
Info: generating structure...
unknown residue type K
ERROR: failed on end of segment
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.
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13楼2010-12-20 14:09:43
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 23:06:33
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S
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2楼2010-12-19 19:17:32
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好人一生平安

金虫 (正式写手)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
好俊的图，可惜不懂......
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3楼2010-12-19 19:33:13
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-19 19:17:32:
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S

现在却出现了这个问题：
(VMD) 1 % foreach S { A B C D } {                                                            set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]                               $seg writepdb seg$S.pdb                                                         $seg delete                                                                  }
can't read "seg": no such variable
>Main< (VMD) 2 %
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4楼2010-12-19 20:35:47
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wjq87070812楼
2010-12-20 12:08   回复  
zyj8119(金币+1):谢谢参与
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