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【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
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我已经按照membrane proteins tutorial做出了KCSA.pdb文件，但是在实行tcl语句：foreach S{A B C D}{set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]$seg writepdb seg$S.pdb $seg delete的时候，却出现了：can't read "S": no such variable |
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使用source buildpsf.tcl的时候，出现错误： reading topology file ../top_all27_prot_lipid.rtf > CHARMM22 All-Hydrogen Topology File for Proteins and Lipids << >>>>>> Includes phi, psi cross term map (CMAP) correction <<<<<< >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> July 2004 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< All comments to ADM jr. via the CHARMM web site: www.charmm.org parameter set discussion forum Created by CHARMM version 31 1 cross-term entries present in topology definitions aliasing residue HIS to HSE aliasing residue ILE atom CD1 to CD aliasing residue HOH atom O to OH2 aliasing residue HOH to TIP3 building segment A reading residues from pdb file segA.pdb unknown residue type K unknown residue type K unknown residue type K unknown residue type K unknown residue type K unknown residue type K unknown residue type K unknown residue type DGA extracted 169 residues from pdb file Info: generating structure... unknown residue type K ERROR: failed on end of segment MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR! Use resetpsf to start over. |
13楼2010-12-20 14:09:43
2楼2010-12-19 19:17:32
3楼2010-12-19 19:33:13
4楼2010-12-19 20:35:47
简单回复
wjq87070812楼
2010-12-20 12:08
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zyj8119(金币+1):谢谢参与
