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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误

我已经按照membrane proteins tutorial做出了KCSA.pdb文件，但是在实行tcl语句：foreach S{A B C D}{set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]$seg writepdb seg$S.pdb $seg delete的时候，却出现了：can't read "S": no such variable
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1楼2010-12-19 13:41:46
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-20 19:59:15:
>Main< (01-BUILD) 59 % solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa
Info) Usage: solvate ...

info是告诉你命令的用法，
solvate


谢谢提醒，tutorial 都做好了，但是放到集群上，出现问题：
[root@cluster 03-MINEQ]# ./namd2  kcsa_popcwieq-04.conf
Charm++: standalone mode (not using charmrun)
Charm++: scheduler running in netpoll mode.
Charm++> Running on 1 unique compute nodes (4-way SMP).
Charm++> Cpu topology info:
PE to node map: 0
Node to PE map:
Chip #0: 0
Charm++> cpu topology info is gathered in 0.001 seconds.
Info: NAMD CVS for Linux-x86_64.g++
Info:
Info: Please visit http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
Info: and send feedback or bug reports to namd@ks.uiuc.edu
Info:
Info: Please cite Phillips et al., J. Comp. Chem. 26:1781-1802 (2005)
Info: in all publications reporting results obtained with NAMD.
Info:
Info: Based on Charm++/Converse 60202 for net-linux-x86_64
Info: Built Sun Dec 12 13:53:15 CST 2010 by root on cluster.hpc.org
Info: 1 NAMD  CVS  Linux-x86_64.g++  1    cluster.hpc.org  root
Info: Running on 1 processors.
Info: CPU topology information available.
Info: Charm++/Converse parallel runtime startup completed at 0.00423503 s
Info: 1.49757 MB of memory in use based on CmiMemoryUsage
Info: Working in the current directory /home/public/zhuyujun/NAMD_CVS_Source/Linux-x86_64-g++/membrane-tutorial-fil                                                              es/03-MINEQ
Info: Configuration file is kcsa_popcwieq-04.conf
TCL: Suspending until startup complete.
Info: EXTENDED SYSTEM FILE   kcsa_popcwieq-03.restart.xsc
FATAL ERROR: Unable to open extended system file.

------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: Unable to open extended system file.


[0] Stack Traceback:
  [0:0] CmiAbort+0x55  [0xa8f935]
  [0:1] _Z8NAMD_diePKc+0x4a  [0x4ebafa]
  [0:2] _ZN13SimParameters12check_configER12ParseOptionsP10ConfigListRPc+0x3cd6  [0x98e756]
  [0:3] _ZN13SimParameters22initialize_config_dataEP10ConfigListRPc+0x63  [0x98f213]
  [0:4] _ZN9NamdState14configListInitEP10ConfigList+0x293  [0x9088d3]
  [0:5] _ZN9ScriptTcl9initcheckEv+0x62  [0x965252]
  [0:6] _ZN9ScriptTcl7Tcl_runEPvP10Tcl_InterpiPPc+0x28  [0x967d18]
  [0:7] TclInvokeStringCommand+0x91  [0xab4203]
  [0:8] ./namd2 [0xaed3c5]
  [0:9] Tcl_EvalEx+0x18c  [0xaeda2c]
  [0:10] Tcl_EvalFile+0x198  [0xae5394]
  [0:11] _ZN9ScriptTcl3runEPc+0x12  [0x967612]
  [0:12] _Z18after_backend_initiPPc+0x295  [0x4ef655]
  [0:13] main+0x24  [0x4ef704]
  [0:14] __libc_start_main+0xdb  [0x3fdba1c3fb]
  [0:15] fmod+0xb2  [0x4eb23a]
Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: Unable to open extended system file.


[0] Stack Traceback:
  [0:0] ./namd2 [0xa8e9a2]
  [0:1] CmiAbort+0x6c  [0xa8f94c]
  [0:2] _Z8NAMD_diePKc+0x4a  [0x4ebafa]
  [0:3] _ZN13SimParameters12check_configER12ParseOptionsP10ConfigListRPc+0x3cd6  [0x98e756]
  [0:4] _ZN13SimParameters22initialize_config_dataEP10ConfigListRPc+0x63  [0x98f213]
  [0:5] _ZN9NamdState14configListInitEP10ConfigList+0x293  [0x9088d3]
  [0:6] _ZN9ScriptTcl9initcheckEv+0x62  [0x965252]
  [0:7] _ZN9ScriptTcl7Tcl_runEPvP10Tcl_InterpiPPc+0x28  [0x967d18]
  [0:8] TclInvokeStringCommand+0x91  [0xab4203]
  [0:9] ./namd2 [0xaed3c5]
  [0:10] Tcl_EvalEx+0x18c  [0xaeda2c]
  [0:11] Tcl_EvalFile+0x198  [0xae5394]
  [0:12] _ZN9ScriptTcl3runEPc+0x12  [0x967612]
  [0:13] _Z18after_backend_initiPPc+0x295  [0x4ef655]
  [0:14] main+0x24  [0x4ef704]
  [0:15] __libc_start_main+0xdb  [0x3fdba1c3fb]
  [0:16] fmod+0xb2  [0x4eb23a]
Aborted
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25楼2010-12-20 23:06:36
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 23:06:33
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S
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2楼2010-12-19 19:17:32
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好人一生平安

金虫 (正式写手)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
好俊的图，可惜不懂......
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3楼2010-12-19 19:33:13
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-19 19:17:32:
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S

现在却出现了这个问题：
(VMD) 1 % foreach S { A B C D } {                                                            set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]                               $seg writepdb seg$S.pdb                                                         $seg delete                                                                  }
can't read "seg": no such variable
>Main< (VMD) 2 %
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4楼2010-12-19 20:35:47
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wjq87070812楼
2010-12-20 12:08   回复  
zyj8119(金币+1):谢谢参与
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