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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误

我已经按照membrane proteins tutorial做出了KCSA.pdb文件，但是在实行tcl语句：foreach S{A B C D}{set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]$seg writepdb seg$S.pdb $seg delete的时候，却出现了：can't read "S": no such variable
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1楼 2010-12-19 13:41:46
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-20 22:20:17
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-20 22:20:33
“unknown residue type k”
1k4c.pdb 中的钾离子的name核residue name都是“K”，而charmm top中的钾离子则是“POT”
问题就出在这里。
你可以先在1k4c.pdb中删掉钾离子，避免这些麻烦。
或者alias一下
pdbalias residue K POT
pdbalias atom POT K POT
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20楼2010-12-20 16:20:51
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 23:06:33
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S
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2楼2010-12-19 19:17:32
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好人一生平安

金虫 (正式写手)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
好俊的图，可惜不懂......
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3楼2010-12-19 19:33:13
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-19 19:17:32:
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S

现在却出现了这个问题：
(VMD) 1 % foreach S { A B C D } {                                                            set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]                               $seg writepdb seg$S.pdb                                                         $seg delete                                                                  }
can't read "seg": no such variable
>Main< (VMD) 2 %
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4楼2010-12-19 20:35:47
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wjq87070812楼
2010-12-20 12:08   回复  
zyj8119(金币+1):谢谢参与
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