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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误

我已经按照membrane proteins tutorial做出了KCSA.pdb文件，但是在实行tcl语句：foreach S{A B C D}{set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]$seg writepdb seg$S.pdb $seg delete的时候，却出现了：can't read "S": no such variable
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1楼 2010-12-19 13:41:46
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 23:06:33
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S
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2楼2010-12-19 19:17:32
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好人一生平安

金虫 (正式写手)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
好俊的图，可惜不懂......
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3楼2010-12-19 19:33:13
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-19 19:17:32:
"foreach S{A B C D}" 应该是“foreach S {A B C D}”

少了个空格

这个循环就是把abcd分别赋值给变量S

现在却出现了这个问题：
(VMD) 1 % foreach S { A B C D } {                                                            set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]                               $seg writepdb seg$S.pdb                                                         $seg delete                                                                  }
can't read "seg": no such variable
>Main< (VMD) 2 %
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4楼2010-12-19 20:35:47
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nufang19a

金虫 (正式写手)
★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-19 23:06:45
看着又少空格了，你要细心
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5楼2010-12-19 21:42:40
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by nufang19a at 2010-12-19 21:42:40:
看着又少空格了，你要细心

没少啊，兄弟，我。。。我都是一个个打的。
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6楼2010-12-19 21:47:51
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by nufang19a at 2010-12-19 21:42:40:
看着又少空格了，你要细心

你有QQ吗？我的QQ:675096471,论坛说不清，QQ上说吧。
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7楼2010-12-19 21:48:28
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sjnyongle

金虫 (小有名气)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
你可以把所有的输入写道一个tc脚本中, 比如名字为11.tcl
然后在11.tcl中写入：
mol delete all
mol load pdb KCSA-ALL.pdb
foreach S { A B C D } {
set seg [atomselect top "segname $S and chain C and protein"]
$seg writepdb seg$S.pdb
$seg delete
}


然后在vmd的 Extensions → Tk Console 中直接source 11.tcl即可

当然了，首先你要确保在KCSA-ALL.pdb文件的目录下面，否则找不到pdb,也是白搭，或者你可以告诉KCSA-ALL.pdb的路径，总之，要确保KCSA-ALL.pdb能被找到
我建议你先把我给你的11.tcl复制，看行不行，因为你的错误确实很像你自己的疏忽所致，呵呵
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8楼2010-12-20 09:22:43
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nufang19a

金虫 (正式写手)
这下你该解决了
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9楼2010-12-20 10:10:29
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-20 09:22:43:
你可以把所有的输入写道一个tc脚本中, 比如名字为11.tcl
然后在11.tcl中写入：
mol delete all
mol load pdb KCSA-ALL.pdb
foreach S { A B C D } {
set seg [atomselect top "segname $S and chain C  ...

segD.pdb貌似里面什么也没有啊，不知道出了什么问题？
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10楼2010-12-20 10:31:20
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 10:31:20:

segD.pdb貌似里面什么也没有啊，不知道出了什么问题？

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11楼2010-12-20 11:25:12
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 11:25:12:


使用source buildpsf.tcl的时候，出现错误：
reading topology file ../top_all27_prot_lipid.rtf

> CHARMM22 All-Hydrogen Topology File for Proteins and Lipids <<
>>>>>> Includes phi, psi cross term map (CMAP) correction <<<<<<
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>   July 2004    <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
All comments to ADM jr. via the CHARMM web site: www.charmm.org
               parameter set discussion forum

Created by CHARMM version 31 1
cross-term entries present in topology definitions
aliasing residue HIS to HSE
aliasing residue ILE atom CD1 to CD
aliasing residue HOH atom O to OH2
aliasing residue HOH to TIP3
building segment A
reading residues from pdb file segA.pdb
unknown residue type K
unknown residue type K
unknown residue type K
unknown residue type K
unknown residue type K
unknown residue type K
unknown residue type K
unknown residue type DGA
extracted 169 residues from pdb file
Info: generating structure...
unknown residue type K
ERROR: failed on end of segment
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.
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13楼2010-12-20 14:09:43
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sjnyongle

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-20 14:50:45
“unknown residue type k”
你的pdb里面肯定有错误，你的操作可能有误，因为我做过这个tutorial,没有问题，你可能要再看看了
或者你直接用tutorial给出的example-file.先熟悉一下怎么做，然后再自己做出来。
example-file如果可以run成功，就说明你自己做的pdb有误
而且如果你以后要用VMD建模的话，学一下TCL语言的基本用法是必要的
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14楼2010-12-20 14:46:09
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-12-20 14:46:09:
“unknown residue type k”
你的pdb里面肯定有错误，你的操作可能有误，因为我做过这个tutorial,没有问题，你可能要再看看了
或者你直接用tutorial给出的example-file.先熟悉一下怎么做，然后再自己做出来。
...


这个是例子里面给出的输出，我的貌似每个文件有点大小上的差别啊，不知道是怎么搞的，我都是按照例子来的啊。
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15楼2010-12-20 14:51:42
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 14:51:42:


这个是例子里面给出的输出，我的貌似每个文件有点大小上的差别啊，不知道是怎么搞的，我都是按照例子来的啊。

貌似我做的KCSA-A.pdb要比给出的大一些，不知道是为什么，是不是1K4C.pdb中还需要修改什么吗？
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17楼2010-12-20 15:15:51
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-20 22:20:30
那个top里面没有K，只有pot，你得alias一下。
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18楼2010-12-20 15:50:05
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-20 15:50:05:
那个top里面没有K，只有pot，你得alias一下。

什么意思？不明白，请教高手。。。
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19楼2010-12-20 15:53:52
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-20 22:20:17
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-20 22:20:33
“unknown residue type k”
1k4c.pdb 中的钾离子的name核residue name都是“K”，而charmm top中的钾离子则是“POT”
问题就出在这里。
你可以先在1k4c.pdb中删掉钾离子，避免这些麻烦。
或者alias一下
pdbalias residue K POT
pdbalias atom POT K POT
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20楼2010-12-20 16:20:51
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-20 16:20:51:
“unknown residue type k”
1k4c.pdb 中的钾离子的name核residue name都是“K”，而charmm top中的钾离子则是“POT”
问题就出在这里。
你可以先在1k4c.pdb中删掉钾离子，避免这些麻烦。
或者alias一下
pdb ...

我做出来的KCSA-A.pdb比例子给出的大，是不是也是这个问题？
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21楼2010-12-20 16:39:51
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 16:39:51:

我做出来的KCSA-A.pdb比例子给出的大，是不是也是这个问题？

我把例子里面拷贝出来的KCSA-ALL.pdb就能做的下去，但是当我运用命令
solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa 后，什么也没有，这是为什么？
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22楼2010-12-20 16:42:14
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-20 16:42:14:

我把例子里面拷贝出来的KCSA-ALL.pdb就能做的下去，但是当我运用命令
solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa 后，什么也没有，这是为什么？

我敲击了这个命令后，显示的是这么多：
>Main< (01-BUILD) 59 % solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa
Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
Info)     -o (data will be written to output.psf/output.pdb)
Info)     -s (should be either one or two letters; default WT)
Info)     -b (minimum distance between water and solute, default 2.4)
Info)     -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}}
Info)     -rotate (rotate molecule to minimize water volume)
Info)     -rotsel (selection of atoms to check for rotation)
Info)     -rotinc (degree increment for rotation)
Info)     -t (override with any of the following)
Info)     -x
Info)     -y
Info)     -z
Info)     +x
Info)     +y
Info)     +z
Info)     The following options allow the use of solvent other than water:
Info)       -spsf (PSF file for nonstandard solvent)
Info)       -spdb (PDB file for nonstandard solvent)
Info)       -stop (Topology file for nonstandard solvent)
Info)       -ws (Box length for nonstandard solvent)
Info)       -ks (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent)

>Main< (01-BUILD) 60 %
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23楼2010-12-20 16:46:06
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zyj8119(金币+10):就是想先自己摸索看看。。。 2010-12-20 20:37:39
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-20 22:19:45
>Main< (01-BUILD) 59 % solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa
Info) Usage: solvate ...

info是告诉你命令的用法，
solvate 就是说后面应该先给出psf文件和pdb文件

我没做过那个tutor，不知道你是哪步做的不对，出了这么多问题。

不要光看tutor，把ug先看了吧
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24楼2010-12-20 19:59:15
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-20 19:59:15:
>Main< (01-BUILD) 59 % solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa
Info) Usage: solvate ...

info是告诉你命令的用法，
solvate


谢谢提醒，tutorial 都做好了，但是放到集群上，出现问题：
[root@cluster 03-MINEQ]# ./namd2  kcsa_popcwieq-04.conf
Charm++: standalone mode (not using charmrun)
Charm++: scheduler running in netpoll mode.
Charm++> Running on 1 unique compute nodes (4-way SMP).
Charm++> Cpu topology info:
PE to node map: 0
Node to PE map:
Chip #0: 0
Charm++> cpu topology info is gathered in 0.001 seconds.
Info: NAMD CVS for Linux-x86_64.g++
Info:
Info: Please visit http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
Info: and send feedback or bug reports to namd@ks.uiuc.edu
Info:
Info: Please cite Phillips et al., J. Comp. Chem. 26:1781-1802 (2005)
Info: in all publications reporting results obtained with NAMD.
Info:
Info: Based on Charm++/Converse 60202 for net-linux-x86_64
Info: Built Sun Dec 12 13:53:15 CST 2010 by root on cluster.hpc.org
Info: 1 NAMD  CVS  Linux-x86_64.g++  1    cluster.hpc.org  root
Info: Running on 1 processors.
Info: CPU topology information available.
Info: Charm++/Converse parallel runtime startup completed at 0.00423503 s
Info: 1.49757 MB of memory in use based on CmiMemoryUsage
Info: Working in the current directory /home/public/zhuyujun/NAMD_CVS_Source/Linux-x86_64-g++/membrane-tutorial-fil                                                              es/03-MINEQ
Info: Configuration file is kcsa_popcwieq-04.conf
TCL: Suspending until startup complete.
Info: EXTENDED SYSTEM FILE   kcsa_popcwieq-03.restart.xsc
FATAL ERROR: Unable to open extended system file.

------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: Unable to open extended system file.


[0] Stack Traceback:
  [0:0] CmiAbort+0x55  [0xa8f935]
  [0:1] _Z8NAMD_diePKc+0x4a  [0x4ebafa]
  [0:2] _ZN13SimParameters12check_configER12ParseOptionsP10ConfigListRPc+0x3cd6  [0x98e756]
  [0:3] _ZN13SimParameters22initialize_config_dataEP10ConfigListRPc+0x63  [0x98f213]
  [0:4] _ZN9NamdState14configListInitEP10ConfigList+0x293  [0x9088d3]
  [0:5] _ZN9ScriptTcl9initcheckEv+0x62  [0x965252]
  [0:6] _ZN9ScriptTcl7Tcl_runEPvP10Tcl_InterpiPPc+0x28  [0x967d18]
  [0:7] TclInvokeStringCommand+0x91  [0xab4203]
  [0:8] ./namd2 [0xaed3c5]
  [0:9] Tcl_EvalEx+0x18c  [0xaeda2c]
  [0:10] Tcl_EvalFile+0x198  [0xae5394]
  [0:11] _ZN9ScriptTcl3runEPc+0x12  [0x967612]
  [0:12] _Z18after_backend_initiPPc+0x295  [0x4ef655]
  [0:13] main+0x24  [0x4ef704]
  [0:14] __libc_start_main+0xdb  [0x3fdba1c3fb]
  [0:15] fmod+0xb2  [0x4eb23a]
Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: Unable to open extended system file.


[0] Stack Traceback:
  [0:0] ./namd2 [0xa8e9a2]
  [0:1] CmiAbort+0x6c  [0xa8f94c]
  [0:2] _Z8NAMD_diePKc+0x4a  [0x4ebafa]
  [0:3] _ZN13SimParameters12check_configER12ParseOptionsP10ConfigListRPc+0x3cd6  [0x98e756]
  [0:4] _ZN13SimParameters22initialize_config_dataEP10ConfigListRPc+0x63  [0x98f213]
  [0:5] _ZN9NamdState14configListInitEP10ConfigList+0x293  [0x9088d3]
  [0:6] _ZN9ScriptTcl9initcheckEv+0x62  [0x965252]
  [0:7] _ZN9ScriptTcl7Tcl_runEPvP10Tcl_InterpiPPc+0x28  [0x967d18]
  [0:8] TclInvokeStringCommand+0x91  [0xab4203]
  [0:9] ./namd2 [0xaed3c5]
  [0:10] Tcl_EvalEx+0x18c  [0xaeda2c]
  [0:11] Tcl_EvalFile+0x198  [0xae5394]
  [0:12] _ZN9ScriptTcl3runEPc+0x12  [0x967612]
  [0:13] _Z18after_backend_initiPPc+0x295  [0x4ef655]
  [0:14] main+0x24  [0x4ef704]
  [0:15] __libc_start_main+0xdb  [0x3fdba1c3fb]
  [0:16] fmod+0xb2  [0x4eb23a]
Aborted
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25楼2010-12-20 23:06:36
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zyj8119(金币+20):谢谢！！！ 2010-12-21 10:56:41
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-21 14:39:59
“Reason: FATAL ERROR: Unable to open extended system file.”
你设置了extendedsystem这一项，就是从一个xsc文件中读入box length，但却没有这个文件。禁掉这一项就行了
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28楼2010-12-21 09:24:35
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hf.lee

至尊木虫 (知名作家)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
??
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29楼2010-12-21 09:41:14
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0710811132

荣誉版主 (文学泰斗)
★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
不知道
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30楼2011-01-10 14:15:17
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mumun

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，你有Membrane Proteins Tutorial中文版吗？共享一下，十分感谢
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31楼2013-07-21 19:24:47
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简单回复
wjq87070812楼
2010-12-20 12:08   回复  
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zoujin12916楼
2010-12-20 15:09   回复  
zyj8119(金币+1):谢谢参与
wg42326楼
2010-12-21 09:06   回复  
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小不点点27楼
2010-12-21 09:18   回复  
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