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qxluan88

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊

请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
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1楼 2013-03-28 15:13:51
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qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 16:11:11
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all
$all writepdb yourfile.pdb...

高手请指教，我卡这儿好久了捏
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4楼2013-03-28 17:06:52
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-28 16:11:11
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qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 16:11:11
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all
$all writepdb yourfile.pdb...

谢谢你的回答，我是做能量最小化的嘛，按照你给的命令我的确获得了一个pdb文件，请问这个文件是我能量最小化获得的最后一帧吗？
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-28 16:40:13
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by qxluan88 at 2013-03-28 16:40:13
谢谢你的回答，我是做能量最小化的嘛，按照你给的命令我的确获得了一个pdb文件，请问这个文件是我能量最小化获得的最后一帧吗？...

多看看手册，
你先应该弄明白，你能量最小化输出了哪些东西？
输出的那些文件，每个文件是什么意思？
这些手册上都讲解的很清楚

PS,为什么一定要PDB文件呢？
一般模拟，能量最小化之后该进行别的模拟了啊，不用pdb文件照样可以继续啊
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5楼2013-03-28 17:52:43
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