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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
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qxluan88

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊

请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
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1楼 2013-03-28 15:13:51
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb
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2楼2013-03-28 16:11:11
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qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 16:11:11
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all
$all writepdb yourfile.pdb...

谢谢你的回答，我是做能量最小化的嘛，按照你给的命令我的确获得了一个pdb文件，请问这个文件是我能量最小化获得的最后一帧吗？
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3楼2013-03-28 16:40:13
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qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 16:11:11
mol load psf yourfile.psf namdbin yourfile.coor
set all
$all writepdb yourfile.pdb


或者
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set all
$all writepdb yourfile.pdb...

高手请指教，我卡这儿好久了捏
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4楼2013-03-28 17:06:52
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by qxluan88 at 2013-03-28 16:40:13
谢谢你的回答，我是做能量最小化的嘛，按照你给的命令我的确获得了一个pdb文件，请问这个文件是我能量最小化获得的最后一帧吗？...

多看看手册，
你先应该弄明白，你能量最小化输出了哪些东西？
输出的那些文件，每个文件是什么意思？
这些手册上都讲解的很清楚

PS,为什么一定要PDB文件呢？
一般模拟，能量最小化之后该进行别的模拟了啊，不用pdb文件照样可以继续啊
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5楼2013-03-28 17:52:43
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qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 17:52:43
多看看手册，
你先应该弄明白，你能量最小化输出了哪些东西？
输出的那些文件，每个文件是什么意思？
这些手册上都讲解的很清楚

PS,为什么一定要PDB文件呢？
一般模拟，能量最小化之后该进行别的模拟了啊， ...

我做完能量最小化想直接做对接的，完了复合物再做动力学分析的，因为时间比较赶，的确没有好好看手册，dcd是轨迹文件的嘛，我就是想知道你教我的这个命令没有涉及第几帧比如多少ps,那咋知道输出的pdb文件是哪一帧捏。。。拜托拜托
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6楼2013-03-28 19:29:48
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
qxluan88: 金币+5, ★有帮助 2013-03-31 16:23:36
那就这个了：
比如说你想取第 10 帧

mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
animate goto 10
set all [atomselect top all]
$all writepdb yourfile.pdb

至于第10 帧是多少 ps ,这得问你自己
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7楼2013-03-28 20:19:34
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qxluan88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-28 20:19:34
那就这个了：
比如说你想取第 10 帧

mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
animate goto 10
set all
$all writepdb yourfile.pdb

至于第10 帧是多少 ps ,这得问你自己

谢谢你耐心的回答我的问题，那我能量最小化取最后一帧就好了嘛
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8楼2013-03-29 10:06:18
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-29 13:53:07
qxluan88: 金币+5, ★有帮助 2013-03-31 16:23:26
开VMD，选save coordinates，然后first，last都输入最后一帧就行了
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9楼2013-03-29 13:46:56
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-29 13:53:20
或者读入psf和.coor文件，用VMD另存为PDB就好了
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10楼2013-03-29 13:47:57
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