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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » vmd做pdb格式文件的动画求助
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[求助] vmd做pdb格式文件的动画求助

我用towhee产生的是一系列pdb格式的文件，想把这些文件做成动画，不知道vmd有没有可以直接做pdb格式动画的插件？之前自己是把每个pdb格式的导入然后到处图片，最后把这许多图片合成动画，感觉这个工作量太大了，方法太笨了。想知道vmd里面那个可以把我这些从pdb调整参数到输出图片的批处理工具该怎么用，希望那个好心人能够指导一下，不甚感激！
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1楼2012-09-16 12:01:43
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xieluxielu

木虫 (著名写手)

天天
同问，顶贴
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2楼2012-09-17 03:51:31
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-09-17 07:44:10
zhang_jaj: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-09-17 08:50:36
"之前自己是把每个pdb格式的导入然后到处图片，最后把这许多图片合成动画，感觉这个工作量太大了，方法太笨了"

这个方法很好啊，只是你对VMD 的脚本程序不懂吧，你写个脚本程序，让VMD 自动去生成一系列的图片，然后使用把这一系列图片导入的photoshop中，自动就可以生成动画了啊。

附一个简单的VMD输出一系列图片的脚本：
set num_frame 80
        for {set i 1} {$i <=$num_frame } {incr i 1} {
                mol load pdb youfile_$i.pdb
                              set filename frame[format "%03d" $i].bmp
                render snapshot $filename
         }

在这段脚本之前，你需要设置好你要输出的pdb文件的角度，颜色，大小等信息即可输出你满意的图片和做成动画。

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-9-17 at 07:34 ]
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zhang_jaj
3楼2012-09-17 07:33:08
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-17 07:33:08
"之前自己是把每个pdb格式的导入然后到处图片，最后把这许多图片合成动画，感觉这个工作量太大了，方法太笨了"

这个方法很好啊，只是你对VMD 的脚本程序不懂吧，你写个脚本程序，让VMD 自动去生成一系 ...

非常感谢。我的是每一个pdb文件独立是一个frame，所以每张图片都是由一个单独的pdb文件导出的。我是记得vmd好像可以自己记录一系列操作并把它封装成一个小的程序，然后我导入其他pdb文件时自动会做同样的操作（设置参数和输出图片），在这个小程序之前如果在能加个让他到一个指定的文件夹下面，自动加载所有下满的pdb格式就好了，不知道可以实现吗？关键是该怎么实现？
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4楼2012-09-17 08:50:28
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhang_jaj: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-09-17 12:28:32
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-09-17 16:23:18
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-09-17 08:50:28
非常感谢。我的是每一个pdb文件独立是一个frame，所以每张图片都是由一个单独的pdb文件导出的。我是记得vmd好像可以自己记录一系列操作并把它封装成一个小的程序，然后我导入其他pdb文件时自动会做同样的操作（设置 ...

比如你的 一系列pdb文件的名字分别是：
youfile_1.pdb
youfile_2.pdb
youfile_3.pdb
youfile_4.pdb
youfile_5.pdb
.
.
.

youfile_80.pdb

就可以使用上面的简单脚本自动载入。
设置参数和输出图片的设置，也在这个脚本内设置就行了。
我给你写的简单脚本是个思路提示，具体的你自己去写具体就行了。

这个方法可以实现，因为我做过gromacs 输出的一帧一帧的坐标文件，然后使用VMD输出高清图片，做成动画。
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5楼2012-09-17 09:21:22
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
内容已删除
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6楼2012-09-17 12:28:27
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇
★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-09-17 23:49:38
可以把你的pdb文件组成一个traj文件，全部load到vmd里
图形用户界面下有个movie maker，按照提示做就行了
需要提前编译几个movie生成的程序
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由于诡异的原因msn偶尔上不去，由于众所周知的原因qq基本不登陆，私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
7楼2012-09-17 22:19:13
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xieluxielu

木虫 (著名写手)

天天
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-17 00:33:08
"之前自己是把每个pdb格式的导入然后到处图片，最后把这许多图片合成动画，感觉这个工作量太大了，方法太笨了"

这个方法很好啊，只是你对VMD 的脚本程序不懂吧，你写个脚本程序，让VMD 自动去生成一系 ...

请问，如果用VMD制作动画的话，能否加上时间（动画中）例如 t= 12.000ps 等
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8楼2012-09-17 23:19:53
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-09-18 09:34:46
引用回帖:
7楼: Originally posted by meixinqing at 2012-09-17 22:19:13
可以把你的pdb文件组成一个traj文件，全部load到vmd里
图形用户界面下有个movie maker，按照提示做就行了
需要提前编译几个movie生成的程序

组成一个traj文件，全部load到vmd里之后，有一种更简单的办法：
使用一个叫“Camtasia Studio”的软件，在VMD 播放的时候，直接录制屏幕就行了，然后可以保存成各种各样格式的动画。
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9楼2012-09-17 23:51:48
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xieluxielu at 2012-09-17 23:19:53
请问，如果用VMD制作动画的话，能否加上时间（动画中）例如 t= 12.000ps 等...

呵呵，我没有做过。
不过我感觉应该可以实现吧，推荐你好好学习一下VMD 的手册和tcl脚本命令，对做MD模拟建模，后处理等都非常有用。
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10楼2012-09-17 23:53:22
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