| 查看: 3841 | 回复: 12 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
zhang_jaj木虫 (正式写手)
|
[求助]
vmd做pdb格式文件的动画求助
|
|
| 我用towhee产生的是一系列pdb格式的文件，想把这些文件做成动画，不知道vmd有没有可以直接做pdb格式动画的插件？之前自己是把每个pdb格式的导入然后到处图片，最后把这许多图片合成动画，感觉这个工作量太大了，方法太笨了。想知道vmd里面那个可以把我这些从pdb调整参数到输出图片的批处理工具该怎么用，希望那个好心人能够指导一下，不甚感激！ |
回复此楼» 猜你喜欢
某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感
已经有4人回复
-
在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。
已经有3人回复
-
如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》
已经有8人回复
-
没有任何消息-是不是就凉了
已经有10人回复
-
人气不行了
已经有11人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有22人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有3人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有7人回复
-
今天基金会出结果吗？20260819
已经有18人回复
-
我面上完蛋了
已经有14人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢
已经有11人回复
- 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
已经有30人回复
- 【求助】弱问：怎样才能移植MS的PDB文件到NAMD中
已经有4人回复
- 【求助】如何合并文件 pdb psf
已经有4人回复
- 【求助】autodock中PDB转pdbqt格式问题？
已经有9人回复
- 【求助】求一个磷脂双分子膜的PDB文件
已经有9人回复
- 【求助/交流】求助关于PDB格式的基因序列
已经有4人回复
- 【求助】namd和vmd就只能识别.pdb.psf.coor.vel等文件吗
已经有6人回复
- 【求助】用于ligplot的pdb文件究竟应如何准备?
已经有3人回复
- 【求助】PDB文件的处理
已经有13人回复
- 【求助】PDB文件的数据怎么看？
已经有9人回复
zhang_jaj
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 2135.7
- 散金: 693
- 红花: 8
- 帖子: 447
- 在线: 448小时
- 虫号: 1015849
- 注册: 2010-05-11
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
送鲜花一朵 
4楼2012-09-17 08:50:28
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-09-17 07:44:10
zhang_jaj: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-09-17 08:50:36
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-09-17 07:44:10
zhang_jaj: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-09-17 08:50:36
|
"之前自己是把每个pdb格式的导入然后到处图片，最后把这许多图片合成动画，感觉这个工作量太大了，方法太笨了" 这个方法很好啊，只是你对VMD 的脚本程序不懂吧，你写个脚本程序，让VMD 自动去生成一系列的图片，然后使用把这一系列图片导入的photoshop中，自动就可以生成动画了啊。 附一个简单的VMD输出一系列图片的脚本： set num_frame 80 for {set i 1} {$i <=$num_frame } {incr i 1} { mol load pdb youfile_$i.pdb set filename frame[format "%03d" $i].bmp render snapshot $filename } 在这段脚本之前，你需要设置好你要输出的pdb文件的角度，颜色，大小等信息即可输出你满意的图片和做成动画。 [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-9-17 at 07:34 ] |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
3楼2012-09-17 07:33:08
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhang_jaj: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-09-17 12:28:32
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-09-17 16:23:18
zhang_jaj: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-09-17 12:28:32
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-09-17 16:23:18
|
比如你的 一系列pdb文件的名字分别是： youfile_1.pdb youfile_2.pdb youfile_3.pdb youfile_4.pdb youfile_5.pdb . . . youfile_80.pdb 就可以使用上面的简单脚本自动载入。 设置参数和输出图片的设置，也在这个脚本内设置就行了。 我给你写的简单脚本是个思路提示，具体的你自己去写具体就行了。 这个方法可以实现，因为我做过gromacs 输出的一帧一帧的坐标文件，然后使用VMD输出高清图片，做成动画。 |
5楼2012-09-17 09:21:22
meixinqing
金虫 (著名写手)
梅心晴｜一只蘑菇
- 应助: 46 (小学生)
- 贵宾: 0.122
- 金币: 5691.4
- 散金: 423
- 红花: 35
- 帖子: 1923
- 在线: 369.4小时
- 虫号: 280674
- 注册: 2006-09-17
- 性别: MM
- 专业: 实验地球化学和计算地球化
- 管辖: 签证指南
7楼2012-09-17 22:19:13
20